设计好的引物如何在NCBI 上比对?

相关实验：引物设计和末端标记实验

window1982

2021-11-16

我用primer 5.0 设计好的引物，想看看它的在基因组的特异性，请问在NCBI上如何比对？

5 个回答

goleo

2021-11-16

有帮助

引物比对在ncbi主页www.ncbi.nlm.nih.gov/上点blast，然后选择左上角那个版块里的search for short，nearly exact matches，输入上游引物序列，在下一行输入下游引物序列，选择你要看的种属（没有特殊要求就选择nr），点submit，在下一个窗口中点format，就可以了。这样是看一对引物的特异性。

seeyou14

2021-11-16

有帮助

http://primer3.ut.ee，在这里，第一个框选check primers 就可以比对

pacesjf

2021-11-16

有帮助

NCBI主页，主页最下面选择primer-blast，里面输入自己的设计的引物（正向和反向），然后下面database选择genome（chromosomes from all organisms），roganism选择你要研究的组织，比如检测人是否有乙肝病毒，组织就选择人了。然后点后面get primers 。稍等片刻，就出来相应结果。

qingyan0311

2021-11-16

有帮助

登陆ncbi主页,点击nucleotide,点击网页左侧blast,然后选择Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) 或Search for short, nearly exact matches都可以,在空白诓输入您的序列,种属限定为您所需要的,点击submit就可以了. 上下游分开比对!祝试验顺利!

dxy_qmzlef30

2021-11-16

有帮助

在界面主下方单击primer blast,之后在primer parameter下面上下引物栏里分别输入你的上下引物，在organism栏里输入你所想要的物种，然后单击get primer