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可变剪接设计引物

相关实验:引物设计和末端标记实验

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dxy_9thml880

已知某个基因的名称,如RBMS3,不知道如何找长短剪接体对应的序列,有没有大神指导下,谢谢!

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2 个回答

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秋秋欣欣

有帮助

Gene,搜索

选择相关的

不同的isoform:

点击其中一个isoform,复制全部序列到snapgene

把四个isoform全部保存:

点击第一个进去,进行编辑:

首先在NCBI GENE里找到CDS(编码区),复制,ctrl+F到snapgene里,Features-add feature,命名为COS,其他三个isoform复制进来:

这里的红色就代表外显子跳跃事件,我们将外显子跳跃事件的碱基复制,add feature为exon skipping,发现这个外显子跳跃在CDS之外,说明这个SE事件不会影响编码蛋白的改变。

再做STAG2的,前边步骤都相同,ZFAND4的SE事件在CDS内,将SE事件标注为绿色:

将exon的序列,exon前边100-200bp的序列以及exon后边100-200bp的序列copy到primer3网站上,格式为:exon前边100-200bp的序列[exon]exon后边100-200bp的序列:

点击pick primers,可以得到前边和后边的两个引物

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dxy_9thml880user-title

有没有视频

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Eason老歌迷

有帮助

打开ncbi,首先在Nucleotide中输入基因名和物种名,选择打开以下的连接,点击 Graphics,查看已发现的转录本,还可以结合转录组测序云平台,查看测序出的可变剪接。点击Tools查看序列信息。此序列为NCBI上提交的反向互补序列。

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