NEAT1基因有两个转录本，长的转录本是在短的转录本基础上的延长，这种情况下怎么设计针对短转录本的特异引物？

NEAT1基因其实有两个转录本：NEAT1_1和NEAT1_2, NEAT1_1(3.7 kb in humans, 3 kb in mice)与NEAT1_2 (23 kb In humans, 20 kb in mice)的5’末端完全重合，两个转录本均只包含一个外显子，而且均留在核内。NEAT1_1多聚腺苷化，类似于mRNA，而NEAT1_2对paraspeckles至关重要，构成其“architectural backbone” 2,4。

还是针对长转录本设计，然后可以进行酶切

这样没法直接设计针对短转录本的特异引物，但是你可以在长短转录本overlap的地方设计一对引物，针对长转录本再设计一对引物，用 总的减去长转录本的，就是短的