限制性内切酶的奇怪问题
dxy_oce4yqx4
我设计引物的时候不小心把片段的kpn1内切酶搞成了bamH1，但是后面的片段和载体都全部都是用的kpn1切的，后面T4连接，所以理论上载体是kpn1切开了，而片段则没有，但是转化后，虽然阳性克隆极少，但是让我找到了几个，送去测序了一个发现是原来引物用的bamH1的酶切位点。
我想问一下，这种情况是什么原因导致的，为什么酶切位点设计错了还能切开并且连接上去。顺便说一下，kpn1酶切位点是GGTACC，bamH1是GGATCC，两个很像。
3 个回答
dxy_mqg1dtg8
这种情况可能是由于GGATCC的酶切位点与GGTACC的酶切位点具有相似度，导致在实验中发生了错误的酶切和连接。虽然GGATCC并不是理想的KpnI酶切位点，但由于GGATCC与GGTACC有相似的序列，可能在一定程度上被KpnI酶识别并切割。
这种情况下，片段虽然没有按预期的方式被切开，但仍然能够与载体连接上。这种情况的发生可能是由于酶切位点设计时的误差或实验操作中的错误导致的。在设计引物时，建议仔细核对酶切位点的序列，确保准确无误。此外，如果设计引物时出现了类似的问题，可以考虑重新设计引物，确保酶切位点的准确性，以避免类似的错误发生。在实验操作中，也要注意仔细核对实验步骤和操作细节，以确保实验的准确性和可重复性。
土井挞克树
这是因为内切酶可以切割的碱基多的原因，才会产生不理想的末端
于小鱼鱼1998
酶切错了考虑是内切酶的特异度差的原因，可以有多个酶切位点所以切错了
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