孟德尔随机化请教

可以的，近五年的文献多数选用10x5

可以的，一般还是5x10五次方在文献中用的多，但是八次方是近年来比较受大家推崇的方案

在进行GWAS研究时选择SNP的阈值确实存在一定争议。

一般认为p值阈值设为5×10^-8是较为严格和保守的标准,可以有效控制假阳性率,这也是许多GWAS研究采用的阈值。

但也有研究指出p值阈值设为5×10^-5即可获得较好的结果。这可能与样本量大小、检验的SNP数目等因素有关。

采用更为宽松的p值阈值5×10^-5作为候选SNP的标准在一些文献中也有报道,例如:

1. Johnson AD et al. SNAP: a web-based tool for identification and annotation of proxy SNPs using HapMap. Bioinformatics 2008.

2. Tachmazidou I et al. Whole-genome sequencing coupled to imputation discovers genetic signals for anthropometric traits. Hum Mol Genet 2017.

但需要注意的是,p值阈值下调会提高假阳性的风险。建议在论文中对所选阈值进行讨论,并进行验证以支持结果的可靠性。

另外,也有文章提出直接根据效应大小选择SNP,而不仅仅根据p值,这也是可考虑的策略。