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我只做细菌同源性比对、SNP和inDel分析、耐药基因注释和突变,请问做测序草图够用吗?

相关实验:SNP分型分析实验

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那个结局

公司那边说草图就够,但是我这边不确定。需要测的样本量比较大,资金不太够,希望老师可以提供意见

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3 个回答

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

同源性比对和基因注释用测序草图够了,如果想进一步说明snp分析则需要更具体的测序结果

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huarenqiang5

有帮助

这种基本上能够满足你做测序草图了。

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loveliufudan

有帮助

对于细菌同源性比对、SNP和InDel分析、耐药基因注释和突变等分析,使用测序草图可能并不够。测序草图(sequence reads)只是原始测序数据的简单展示,无法提供详细的注释和分析结果。

为了进行这些分析,通常需要进行以下步骤:

1. 数据质量控制:对原始测序数据进行质量控制,包括去除低质量序列、去除适配体序列和质量修剪等。

2. 比对和装配:将质量控制后的序列比对到参考基因组或相关数据库,以确定序列的同源性。对于细菌同源性比对,可以使用工具如Bowtie、BWA、BLAST等。对于SNP和InDel分析,可以使用工具如GATK、SAMtools等。

3. 变异检测和注释:根据比对结果,检测SNP、InDel等变异位点,并进行注释,如确定其在基因组上的位置、功能影响、耐药性等。

4. 数据可视化和分析结果呈现:根据分析结果,生成相关的图表、图像或报告,以便直观地展示和解释分析结果。

测序草图通常只是进行数据处理和分析的第一步,它提供了原始序列信息,但无法满足详细的注释和分析需求。因此,在进行细菌同源性比对、SNP和InDel分析、耐药基因注释和突变等分析时,建议使用适当的生物信息学工具和软件,进行更全面和准确的数据分析。

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