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构建过表达载体菌液测序出现问题

相关实验:筛选质粒载体构建表达文库实验

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dxy_yo41y6

构建过表达载体,送测菌液时,为什么载体通用引物的F和R测序为重叠峰,特异性引物的F和R测序正常

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3 个回答

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土井挞克树

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因为通用性引物的特异性低,所以会出现重叠,更换引物再做

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huarenqiang5

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主要考虑以下几点原因:

1.有可能是基因重复,重复的两个拷贝之间有一个硷基的差异;

2.样品本身污染;

3.测序出现双峰(套峰)要根据具体情况来判断可能造成原因:

1)是单个碱基套峰还是很多,

2)是开始就套峰还是从某一特定位置(譬如插入位点)开始套峰。如果是单个碱基套峰,可能不是单克隆,也可能质粒在自己复制是就产生两中碱基;很多碱基套峰如果是开始就套峰,很可能是测序引物选择不好,不具有特异性,如果是在特定位置(譬如插入位点)开始套峰,非单克隆可能性很大。

4.不是一种克隆菌,需要从新划板,挑取单个菌落培养再测序。

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loveliufudan

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这种情况很可能是由于PCR扩增过程中,通用引物与特异性引物共同扩增导致的。在构建过表达载体的过程中,常常使用通用引物对载体进行鉴定,而特异性引物则用于检测目标基因的表达情况。由于通用引物与特异性引物在PCR扩增过程中具有一定的交叉反应性,因此在测序时可能出现通用引物与特异性引物的重叠峰。

为了减少这种情况的发生,可以考虑在PCR扩增中使用更高特异性的引物,或者通过调整PCR反应条件来避免通用引物和特异性引物的共同扩增。例如,可以调整PCR反应温度和引物浓度,以使得通用引物和特异性引物的扩增效率有所不同。此外,在进行PCR扩增和测序时,需要注意样品的纯度和质量,以避免出现杂质和污染导致的假阳性结果。

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