菌液测序为什么是双峰

feiniao2005038：测序本人拿菌液让生工测序，结果是双峰，是什么意思？怎么回事？重组的质粒用酶切鉴定没有问题，

丁香园网友zhaochengling认为：

1.有可能是基因重复，重复的两个拷贝之间有一个硷基的差异

样品本身被污染，这常常发生在样品为质粒和菌液的情况中。当使用通用引物测序时，如果刚好和样品中的几个质粒均能结合，那么就会出现这种情况，而且在同一位置上还可能有不止两个峰形；

2.测序出现双峰（套峰）要根据具体情况来判断可能造成原因:

1）是单个碱基套峰还是很多，

2）是开始就套峰还是从某一特定位置（譬如插入位点）开始套峰。如果是单个碱基套峰，可能不是单克隆，也可能质粒在自己复制是就产生两中碱基；很多碱基套峰如果是开始就套峰，很可能是测序引物选择不好，不具有特异性，如果是在特定位置（譬如插入位点）开始套峰，非单克隆可能性很大。

具体情况具体对待，不看到测序实际情况，单凭以上你的描述，很难发现你的sample问题所在。

3.不是一种克隆菌，需要从新划板，挑取单个菌落培养再测序.