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求助|流感病毒测序结果如何进行序列比对

相关实验:痘苗病毒纯化实验

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魏小小小杰

老师给了一个流感的病毒,申请进动物房的时候动物房主任要求我证明这个病毒是流感病毒,然后我去做了病毒测序,测序结果如图,序列比对结果如图。

问题:

1.测序结果一共从NODE1-8,是将全部序列分成了8段吗?

2.序列比对我是进入了BLAST,用了两种方法:一是直接加载fa文件,但是比对结果也是分段的;二是我删除了NODE1-8这些字样,复制粘贴进文本框,但比对结果覆盖率很低,而且我这个应该是H1N1病毒。

感觉我比对方法错了,具体应该是怎么比对呢?

方法一:直接上传fa文件

方法二:删除NODE1-8字样 ,复制粘贴到文本框求求大佬,第一次接触测序,有点无从下手

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2 个回答

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

测序结果一共从NODE1-8,是将全部序列分成了8段来表示的

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loveliufudan

有帮助

1.序列比对时,NODE1-8 可能是将整个序列分成了 8 个段进行比对的。

2.序列比对方法建议采用把整个序列上传到 NCBI 的 BLAST 进行比对,或者使用其他类似的工具进行比对。

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魏小小小杰user-title

您好,全部序列比对的话,覆盖率最高才17%,可以证明是这个病毒吗?

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