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【原创】MSP实验方案

大家好,课题是结肠癌甲基化方面,我想先把DNA ,RNA和蛋白质提取出来保存,以下是我的初步方案,请大家不吝指教,谢谢哦!RNA 抽提1.匀浆处理将组织在液氮中磨碎,每50~100mg组织加入1ml TRIzol,用匀浆仪进行匀浆处理。样品体积不应超过TRIzol体积10%2.将匀浆样品在室温(15~30℃)放置5分钟,使核酸蛋白复合物完全分离。3.每使用1ml TRIzol加入0.2ml氯仿,剧烈振荡15秒,室温放置3分钟。4. 4℃ 1200 ...

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[分享]冷泉港实验室PCR Primer上关于real-time的一节

关于REAL-TIME引物设计和探针选择, 附有三种常用探针的介绍网址,希望对大家有用1.The design step: the selection of PCR primers and probes2.Choice of detection method (SYBR Green or a fluoresent nucleic acid probe) for the real time PCR.Generally, real time PCR with SYBR green is used to optimize primers and is principa ...

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PCR扩增出非特异带但无特异带,是不是引物的特异性不好?

欲通过RT-PCR检测一种基因的不同剪接异构体表达情况,在文献(cancer research, oncogene)中查到的两对引物序列如下:P1 5' atg agg atc cca tgg gcc agc a 3'P2 5' aag ggc ttt tca ctt gtt tta c 3'P1 5' atg agg atc cca tgg gcc agc a 3'P3 5' aag ggc ttt tca cct gta tga g 3'RT用的是MBI的试剂盒,反应体系20ul:总RNA 4.0 ug, oligo 1 ul,M-Mulv 1 ul,反应条件为70℃5分钟,37℃5分钟,42℃60分钟,70℃1 ...

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为什么我扩增的PCR产物达不到预期的长度

理论上应该扩增出超过2kb的片段,但每次得到的PCR产物都只有700多bp,跟这个基因的cDNA长度类似。换过好几个模板,得到的结果都相同。上游引物:CATGAGCTACATCAATCTGCCC下游引物:AGTCCAACCTGGGTAGGAGGenebank上查到的序列:小鼠胸苷激酶(tk)基因M684891 ccatggcaga tccggaggga tggtcgagct ccaggctttt cacgtagctg agaggt ...

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常用引物序列:奉献给大家

RT-PCR引物序列 基因来源 引 物 序 列 产物大小(kb)β-actin 人 有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kbβ-actiundefined 大鼠 有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62kbβ-actin 小鼠 有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG ATGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kbGAPDH 人 有意义链 GGTGA AGGTC GGAGT CAACG ...

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Real-Time RT-PCR

Real-Time RT-PCRhttp://www.ambion.com/techlib/basics/rtpcr/by Subbu Dharmaraj, MSRT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction) is the most sensitive technique for mRNA detection and quantitation currently available. Compared to the two other commonly ...

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恳请相助:Taq man引物和探针设计

实验要求为:用实时荧光定量PCR检测损伤前后大鼠某一基因的表达变化,选用Taq man法,从ncbi中查到基因cDNA序列如下:(基因编号:NM_053613)1 atgaagaggg cgtcctccgg aggaagccgg ctgccgacat gggtgttatg gctacaggcc61 tggagggtag caacgccctg ccctggtgcc tgtgtgtgct acaatgagcc caaggtcaca121 acaagccgcc ccca ...

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【分享】PCR Primer Design (Methods in Molecular Biology) 下载

因为之前有个帖子,邮箱中的资源被不良的人删掉了,所以特发此贴。rayfile地址:http://www.rayfile.com/files/098fe2ee-891e-11dd-9cdc-0014221b798a/不会下的可以留下邮箱号我发给你。Publisher: Humana PressNumber Of Pages: 431Publication Date: 2007-08-02ISBN-10 / ASIN: 158829725XISBN-13 / EAN: 9781 ...

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请教16SRNA序列问题

请人测了一株菌株的16SRNA序列,给了两段序列。使用Blast 分别检索后,结果不能确定到种,因而想用完整的序列进行检索,由于我不太熟悉序列分析,请朋友帮我看一下这两段能否组成一个完整的序列。1205013.S1.1541RCCTTCGATCGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAATCATCTGTCCCACCTTAGGCGGCTGGCTCCAAAAAGGTTACCCCACCGACTTCGGGT ...

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【分享】几篇Real-PCR牛文

帮朋友发个帖子,他刚进实验室,PCR实践技术还在摸索中,找了以下这些文章来学习,不看不知道,一看吓一跳,这些用Real-PCR做出来的研究好些都发了不错的杂志,影响因子都比较高的,可惜我这边没有权限下载全文,哪位朋友帮帮忙,下载几篇全文吧,本人不胜感激!!!1. 标题: Quantitative analysis of cell-free Epstein-Barr virus DNA in plasma of patients with nasopharyngeal car ...

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【旧贴整理】原位杂交的探针

1.PCR引物序列来做原位杂交的探针序列http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=464691&sty=3&keywords=%D4%AD%CE%BB%D4%D3%BD%BB%B5%C4%CC%BD%D5%EB2.设计原则http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2339929_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/actions/archive ...

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下面是我设计的引物的BLAST结果,请大虾帮我解释一下。谢谢

下面是我设计的引物的BLAST结果,请大虾帮我解释一下。我这对引物做PCR是否有问题?谢谢。Query=(40 letters)Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS,GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)2,862,112 sequences; 12,768,194,998 total lettersIf you have any problems or q ...

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UNISTS的序列是否可以直接作为RT-PCR的引物?

我要做一个RT-PCR看看PEDF在组织中的表达在uni-sts里找到PEDF的STS请问是否可以直接拿Forward primer: AGAACAAAGATGAACGGTCGGTReverse primer: ACCAACTCTTTGCAGGACATGA来做RT-PCR的引物?如何验证?谢谢http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/sts.cgi?uid=211288UniSTS:211288 Li ...

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【分享】AB定量PCR Webinar整理,学习零时差,定量PCR E次搞定

以前对real-time了解并不多,但是现在工作需要,必须熟悉AB的定量产品,因此对其网站深度挖掘了一番,收获颇丰,给大家贴出来一起进步。总的来说AB的各个地区网站中,个人感觉tw地区的最好,pp的台湾mm,让你的学习体验非常有感觉,请大家点击感兴趣的课程,简单注册后即可免费在线学习,蛮好的哦!Real-Time PCR 原理http://www.appliedbiosystems.com.tw/webinar/reg_rtpc ...

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【旧贴整理】重组PCR

1.重组PCR原理http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/1263309_0.html2.是直接以初次PCR扩增产物作重叠延伸,还是电泳后切胶回收后再做http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/5540543_0.htmlhttp://www.dxy.cn/bbs/thread/4745715http://www.dxy.cn/bbs/post/vi ...

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【公告】4月份中下旬0应助贴--加分从优!

http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=3226158&sty=1&tpg=14&age=0http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=3225948&sty=1&tpg=14&age=0http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=3223640&sty=1&tpg=14&age=0http://www.dxy.cn/bbs/post/ ...

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高手请进:评价设计的引物?急!!!

预扩增包含8344位点的序列:8101 agatgcaatt cccggacgtc taaaccaaac cactttcacc gctacacgac cgggggtata8161 ctacggtcaa tgctctgaaa tctgtggagc aaaccacagt ttcatgccca tcgtcctaga8221 attaattccc ctaaaaatct ttgaaatagg gcccgtattt accctatagc accccctcta8281 ccccctct ...

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Access RT-PCR System{英文}

Technically SpeakingAccess RT-PCR SystemBy Patrick BurkePromega CorporationTranscription of RNA from DNA is the principal step in executing a cell's genetic program. Numerous techniques have been developed to investigate gene expression at the level of transcription, incl ...

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如何确定RNA质量的经验谈!

各位都知道,提取到质量良好的RNA(包括总RNA和mRNA,以下同)是非常困难,关于RNA的提取技术,我就不说了,为什么呢?或许各位非常关心呢,我是这样想的,我可以看到的资料或者是厂家的说明书,各位也同样可以看到的,内容当然都是一样的了,所以实验做的好不好,主要是心的投入多少的问题,所以希望大家自己多多思考啊!提取技术虽然不说了,但是我可以告诉各位如何准确确认RNA质量的有效方法(可能是最简单而有效的,如果你已经知 ...

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PCR引物设计原则

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基,扩增片段长度为100~600 ...

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