我遇到的PCR问题
丁香园论坛
642
:(我需要扩增一段长约700bp的启动子区域，做过梯度，但每次跑出来的条带很浅，而且会随着电泳时间的增加逐渐变淡，同时，引物二聚体一直很明亮。后来做了阴性对照，竟然也出现一样的条带。我们怀疑是受了污染，但也说和引物有关。:?):?):?)所以在此求教各位帮忙提点参考意见。
1 gtgcagtggc tcaatctcgg ctcactgcaa gctccgcctc ccaggttcat gccattctcc
61 tgcctcagcc tacatagtag ctgggactac aggtgcccgc caccacacct agctaatttt
121 ttgtattttt agtagagacg gggtttcatc atgttagcca ggatggtctc gatctcctga
181 cctcccaaag tggtgggatt acaggtgtga gccactgcgc ccggctggat gactcttgag
241 acaacaccat tcagacaaag gcaaggcctc ccacttaaac tcataaccgt gtctcctttc
301 tctccttcga tttgagcggc tgaatttggt tacagtcatc tgacctgtgg gtgtgaagtc
361 cacctgcctg gcataaaaag ctgtgcctcc tttctaggtg aggagaaaga gagagacctg
421 gctcatctga ggtgtggttg ggagggggga cccaggtgtg ctggaaatga aaagaaatgc
481 attcctgttt ttcgtcccaa catgcaaaca actgaacaaa agcattaggg cctgagactg
541 ggagtaaaga attccttgtc accatggata ccaggaaatg gccccactta tatataataa
601 gggctttaga gatgctggac catctgatat tccagcctgg ggccacatgg gagtgtgccc
661 tggtgttatt ccttatacag ttccatgaac atggctctgg aaacacctct gtctgcagaa
721 aatgaggctt ttcttttttt gttcgggggt gaacagaggg cagaggcctg ggcatcttca
781 ctcagcaccc ctttgtaacc cagcacttag caccatggct ggcgcacagc aatgtcacat
841 gtgtgagtgc acacgatgcc tcactgccag gggtcacccc acaccggtgc tgttgggggc
901 gttggagtgg ttatctcttc tttagtcctc aagctcctac ctggcagaga gctgcccaac
961 accgtcgggg tggggtgggc gggaagggaa gaagcagcag caagaaagaa gccccctggc
1021 cctcactctc cctccctgga cgccccctct tcgaccccat cacacagccg cttgaggctt
1081 ggaggcagtg gatttccgag cctgggaacc ccggcgtctg tccggtgtcc ccgcagcctc
1141 acccgtgctg gcccagcccc cgcgagttcg ggacccgggg tttccggggt ggcagggggt
1201 tcccatgccg cctgcgaggc ctcggctcgg gccgctcccg gaacctgcac ttcaggggtc
1261 ctggtccgcc gcccccagca ggagcaaaac aagagcacgc gcacctgccg gcccgcccgc
1321 ccccttggtg ccggccaatc gcgcgctcgg ggcggggtcg ggcgcgctgg aaccagagcc
1381 ggagccggat cccagccgga gcccaagcgc agcccgcacc ccgcgcagcg gctgagccgg
1441 gagccagcgc agcctcggcc ccgcagctca agcctcgtcc ccgccgccgc cgccgccgcc
1501 gccgccgccg cccccggggc atggcctgtc tgatggccgc tttctcggtc ggcaccgcca
1561 tggtgagtga gcgcatcctt cgtccgccgg gaacggtttt attttcaagg
红色区域是我需要扩增的启动子区域，GC含量较高。
我设计的引物是：
上游：5'ccctcgagaacccagcacttagcaccatg3'
下游：5'ccaagcttaccgagaaagcggccatcag3'
能帮我看看么，小女子这厢在此先行谢过了～
1 gtgcagtggc tcaatctcgg ctcactgcaa gctccgcctc ccaggttcat gccattctcc
61 tgcctcagcc tacatagtag ctgggactac aggtgcccgc caccacacct agctaatttt
121 ttgtattttt agtagagacg gggtttcatc atgttagcca ggatggtctc gatctcctga
181 cctcccaaag tggtgggatt acaggtgtga gccactgcgc ccggctggat gactcttgag
241 acaacaccat tcagacaaag gcaaggcctc ccacttaaac tcataaccgt gtctcctttc
301 tctccttcga tttgagcggc tgaatttggt tacagtcatc tgacctgtgg gtgtgaagtc
361 cacctgcctg gcataaaaag ctgtgcctcc tttctaggtg aggagaaaga gagagacctg
421 gctcatctga ggtgtggttg ggagggggga cccaggtgtg ctggaaatga aaagaaatgc
481 attcctgttt ttcgtcccaa catgcaaaca actgaacaaa agcattaggg cctgagactg
541 ggagtaaaga attccttgtc accatggata ccaggaaatg gccccactta tatataataa
601 gggctttaga gatgctggac catctgatat tccagcctgg ggccacatgg gagtgtgccc
661 tggtgttatt ccttatacag ttccatgaac atggctctgg aaacacctct gtctgcagaa
721 aatgaggctt ttcttttttt gttcgggggt gaacagaggg cagaggcctg ggcatcttca
781 ctcagcaccc ctttgtaacc cagcacttag caccatggct ggcgcacagc aatgtcacat
841 gtgtgagtgc acacgatgcc tcactgccag gggtcacccc acaccggtgc tgttgggggc
901 gttggagtgg ttatctcttc tttagtcctc aagctcctac ctggcagaga gctgcccaac
961 accgtcgggg tggggtgggc gggaagggaa gaagcagcag caagaaagaa gccccctggc
1021 cctcactctc cctccctgga cgccccctct tcgaccccat cacacagccg cttgaggctt
1081 ggaggcagtg gatttccgag cctgggaacc ccggcgtctg tccggtgtcc ccgcagcctc
1141 acccgtgctg gcccagcccc cgcgagttcg ggacccgggg tttccggggt ggcagggggt
1201 tcccatgccg cctgcgaggc ctcggctcgg gccgctcccg gaacctgcac ttcaggggtc
1261 ctggtccgcc gcccccagca ggagcaaaac aagagcacgc gcacctgccg gcccgcccgc
1321 ccccttggtg ccggccaatc gcgcgctcgg ggcggggtcg ggcgcgctgg aaccagagcc
1381 ggagccggat cccagccgga gcccaagcgc agcccgcacc ccgcgcagcg gctgagccgg
1441 gagccagcgc agcctcggcc ccgcagctca agcctcgtcc ccgccgccgc cgccgccgcc
1501 gccgccgccg cccccggggc atggcctgtc tgatggccgc tttctcggtc ggcaccgcca
1561 tggtgagtga gcgcatcctt cgtccgccgg gaacggtttt attttcaagg
红色区域是我需要扩增的启动子区域，GC含量较高。
我设计的引物是：
上游：5'ccctcgagaacccagcacttagcaccatg3'
下游：5'ccaagcttaccgagaaagcggccatcag3'
能帮我看看么，小女子这厢在此先行谢过了～
