【讨论】UCSC找出的启动子与国外文献报道不一致
丁香园论坛
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如何查找一个基因的启动子和5端非翻译区，以及怎么确定+1的位置？
我用UCSC和ensembl这两个网站找出来的非翻译区一致，+1的位置也找出来了，可是这个基因跟国外报道的+1位置却相差10-20个碱基左右。为什么呢？用这两个网站找出来的非翻译区可信度有多大？
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启动子位于DNA序列上；5端非翻译区在mRNA序列上，目前明确的基因在各种核酸数据库中均标明CDS（编码序列）的位置，第一个CDS序列中含有起始密码子AUG，其中的A即为+1的位置；起始密码子上游的mRNA序列即5端非翻译区。
启动子序列查询方法参看这个：
http://atgc.dxy.cn/bbs/topic/15886180 建议提问前先搜索，呵呵，省得浪费重复资源
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你首先看一下国外文献的发表时间，有时候这些数据是随时更新的。
一般用NCBI数据库可靠些吧，个人意见。
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