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RT-PCR引物设计。十万火急!!!!谢谢!!

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1196

我最近设计引物有些困难,我要扩增EBV的BNLF1基因(编码LMP1)的cDNA,两引物各带EcoRI、BamHI 的酶切位点,但是两者的Tm值相差太大,实验时间紧迫,望各位高人替小女子改一改。无限感激!!!!!
此致
敬礼!!!

EBV(B95-8序列,Genebank Acession NO.V10555,1999年)的LMP1的编码基因BNLF1的基因序列(只给出内含子、外显子的序列):
Exon1:169207-169474nt(267bp);Exon2:169042-169128nt(86bp);Exon3:168163-168965nt(802bp):三个外显子的全长为1158bp.
Intron1:169129-169206nt(77bp);Intron2:168966-169041nt(75bp)

168163 gtcatagt agcttagctg
168181 aactgggccg tgggggtcgt catcatctcc accggaacca gaagaaccca aaagcagcgt
168241 aggaaggtgt ggatcaccgc cgccatggcc ggaatcatga ctatgaccgc cgcctccgtc
168301 tgtcatcaaa ggcgggccct ggtcacctcc tttgttttca acctcttccg tcaattgtgg
168361 agggcctcca tcatttccag cagagtcgct agggctatga ggcagcgggt catgtgggcc
168421 attgtcatca gtgttgtcag ggtcctgtgg gccattgtca tcagtgttgt cagggtcctg
168481 aggcagcggg tcatgtgggc cattgtcatc agtgttgtca gggtcctgtg ggccattgtc
168541 atcagtgttg tcagggtcct gtgggccatt gtcaggacca cctccaggtg cgcctaggtt
168601 ttgagagcag agtgggggtc cgtcgccggc tccactcacg agcaggtggt gtctgccctc
168661 gttggagtta gagtcagatt catggccaga atcatcggta gcttgttgag ggtgcgggag
168721 ggagtcatcg tggtggtgtt catcactgtg tcgttgtcca tggtaataca tccagattaa
168781 aatcgccaga aacaggagga gccaaaggag atcaaccaat agagtccacc agttttgttg
168841 tagatagaga gcaataatga gcaggatgag gtctaggaag aaggctagga agaaggccaa
168901 aagctgccag atggtggcac caagtcgcca gagcatctcc aataagtaga tccagatacc
168961 taagactgcg ttgaaaaaag agtgttaggg ttggaaaagt gggggtgtgg taaataattc
169021 ctagggaatg ttagatctta ccaagtaagc acccgaagat gaacagcaca attccaagga
169081 acaatgcctg tccgtgcaaa ttccagagag cgatgagcag gagggtgact ggggaaagag
169141 gagaaagtgc gttagagaag gaagagtaag ggaaaggggg tgtggggcaa agggtgtaat
169201 acttactcat cagtaggagt atacaaaggg ctccaagtgg acagagaagg tctcttctga
169261 agataaagat gatcaaaatt ataattataa gcatgagagc aaaggaatag aggacaagga
169321 gggctcctcc agtccagtca ctcataacga tgtacagcca aaacagtagc gccaagagga
169381 ggagaaggag agcaaggcct agggaagagg agaggggggg tcctcgaggg ggccgtcgcg
169441 ggcccggtgg gcccctctca aggtcgtgtt ccat
引物设计如下:所用的质粒为pEGFP-C2(4.7kb),所选的两酶切位点为EcoRI和BamHI,我的设计如下:
Primer 1(sense): 5’ gaattcatggaacacgaccttg 3’ (22nt)
EcoRI
Primer 2(antisense): 5’ gaatccgtcatagtagcttagc 3’ (22nt)
BamHI
经BLAST 检测P1和P2无同源序列。
经Primer Premier 5.0 检测 P1: Tm:44.7℃,GC%:50%,无发夹结构、无二聚体;
(去掉酶切位点) P2: Tm:31.5℃,GC%:43.8%,无发夹结构、有二聚体,好像不行。

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