外源蛋白酶如何除去

问：我用中性蛋白酶酶解我的样品后，跑了SDS-PAGE电泳，结果泳道上出现了蛋白酶的条带，

蛋白酶应该如何从样品中除去呢？是不是灭活后再离心就除去了？那为什么我离心后的样品中还有蛋白酶的存在呢？

答：实在不行过个亲和色谱柱吧。