请评价引物设计
丁香园论坛
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请大家帮我评价我设计的引物,设计数次,总是感觉不满意,所以恳请大家顶力相助,我先谢谢大家了。我要克隆一个基因的一部分,sense DNA序列如下,383bp-638bp是我要扩增的目的基因,上下游多扩增15个bp关系不大,请指教。
ccggcccgcg ccccgcaggc cgcccgccgc ccgcgccgcc atgggagtgg agggctgcac
61 caagtgcatc aagtacctgc tcttcgtctt caatttcgtc ttctggctgg ctggaggcgt
121 gatcctgggt gtggccctgt ggctccgcca tgacccgcag accaccaacc tcctgtatct
181 ggagctggga gacaagcccg cgcccaacac cttctatgta ggcatctaca tcctcatcgc
241 tgtgggcgct gtcatgatgt tcgttggctt cctgggctgc tacggggcca tccaggaatc
301 ccagtgcctg ctggggacgt tcttcacctg cctggtcatc ctgtttgcct gtgaggtggc
361 cgccggcatc tggggctttg tcaacaagga ccagatcgcc aaggatgtga agcagttcta
421 tgaccaggcc ctacagcagg ccgtggtgga tgatgacgcc aacaacgcca aggctgtggt
481 gaagaccttc cacgagacgc ttgactgctg tggctccagc acactgactg ctttgaccac
541 ctcagtgctc aagaacaatt tgtgtccctc gggcagcaac atcatcagca acctcttcaa
601 ggaggactgc caccagaaga tcgatgacct cttctccggg aagctgtacc tcatcggcat
661 tgctgccatc gtggtcgctg tgatcatgat cttcgagatg atcctgagca tggtgctgtg
721 ctgtggcatc cggaacagct ccgtgtactg aggccccgca gctctggcca cagggacctc
781 tgcagtgccc cctaagtgac ccggacactt ccgagggggc catcaccgcc tgtgtatata
841 acgtttccgg tattactctg ctacacgtag cctttttact tttggggttt tgtttttgtt
901 ctgaactttc ctgttacctt ttcagggctg acgtcacatg taggtggcgt gtatgagtgg
961 agacgggcct gggtcttggg gactggaggg caggggtcct tctgccctgg ggtcccaggg
1021 tgctctgcct gctcagccag gcctctcctg ggagccactc gcccagagac tcagcttggc
1081 caacttgggg ggctgtgtcc acccagcccg cccgtcctgt gggctgcaca gctcaccttg
1141 ttccctcctg ccccggttcg agagccgagt ctgtgggcac tctctgcctt catgcacctg
这是我自己设计的引物,
Sense primer 5’-CGA GGATCC GTCAACAAGGA CCAGA-3’380-395bp
BamHI
Anti-sense primer 5’ GCA GAATTC CTA GGAGAAGAGGTCATCG-3’623bp-638bp
EcoR I 终止密码
总是不满意,请评价。
Thanks
ccggcccgcg ccccgcaggc cgcccgccgc ccgcgccgcc atgggagtgg agggctgcac
61 caagtgcatc aagtacctgc tcttcgtctt caatttcgtc ttctggctgg ctggaggcgt
121 gatcctgggt gtggccctgt ggctccgcca tgacccgcag accaccaacc tcctgtatct
181 ggagctggga gacaagcccg cgcccaacac cttctatgta ggcatctaca tcctcatcgc
241 tgtgggcgct gtcatgatgt tcgttggctt cctgggctgc tacggggcca tccaggaatc
301 ccagtgcctg ctggggacgt tcttcacctg cctggtcatc ctgtttgcct gtgaggtggc
361 cgccggcatc tggggctttg tcaacaagga ccagatcgcc aaggatgtga agcagttcta
421 tgaccaggcc ctacagcagg ccgtggtgga tgatgacgcc aacaacgcca aggctgtggt
481 gaagaccttc cacgagacgc ttgactgctg tggctccagc acactgactg ctttgaccac
541 ctcagtgctc aagaacaatt tgtgtccctc gggcagcaac atcatcagca acctcttcaa
601 ggaggactgc caccagaaga tcgatgacct cttctccggg aagctgtacc tcatcggcat
661 tgctgccatc gtggtcgctg tgatcatgat cttcgagatg atcctgagca tggtgctgtg
721 ctgtggcatc cggaacagct ccgtgtactg aggccccgca gctctggcca cagggacctc
781 tgcagtgccc cctaagtgac ccggacactt ccgagggggc catcaccgcc tgtgtatata
841 acgtttccgg tattactctg ctacacgtag cctttttact tttggggttt tgtttttgtt
901 ctgaactttc ctgttacctt ttcagggctg acgtcacatg taggtggcgt gtatgagtgg
961 agacgggcct gggtcttggg gactggaggg caggggtcct tctgccctgg ggtcccaggg
1021 tgctctgcct gctcagccag gcctctcctg ggagccactc gcccagagac tcagcttggc
1081 caacttgggg ggctgtgtcc acccagcccg cccgtcctgt gggctgcaca gctcaccttg
1141 ttccctcctg ccccggttcg agagccgagt ctgtgggcac tctctgcctt catgcacctg
这是我自己设计的引物,
Sense primer 5’-CGA GGATCC GTCAACAAGGA CCAGA-3’380-395bp
BamHI
Anti-sense primer 5’ GCA GAATTC CTA GGAGAAGAGGTCATCG-3’623bp-638bp
EcoR I 终止密码
总是不满意,请评价。
Thanks