RNAi相关的术语
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- 解读miRNA (MicroRNA)
1.RNAi :(RNA interference)RNA干扰
一些小的双链RNA可以高效、特异的阻断体内特定基因表达 ,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型,称为RNA干扰(RNA interference,RNAi ,也译作RNA干预或者干涉)。它也是体内抵御外在感染的一种重要保护机制。
2.siRNA :(small interfering RNAs)小干扰RNA
一种短片断双链RNA分子 ,能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的mRNA,这个过程就是RNA干扰途径(RNA interference pathway)。
3.shRNAsRNA-Short hairpin RNAs)短发夹RNA
是设计为能够形成发夹结构的非编码小RNA分子,短发夹RNA能够通过RNA干扰来抑制基因的表达。Thomas Rosenquist's group和Greg Hannon's group联合研究了在哺乳动物种 系细胞中shRNAs的转移导致基因长时间稳定沉默的机制。
4.bpBase Pair)碱基对
两个碱基(A和T,或者C和G)之间靠氢键结合在一起,形成一个碱基对。DNA的两条链就是靠碱基对之间的氢键连接在一起,形成双螺旋结构。
5.Base sequence:碱基序列
DNA分子中碱基的排列顺序。
6.Base Sequence Analysis:碱基序列分析
分析出DNA分子中碱基序列的方法(这种方法有时能够全自动化)
cDNA:参见互补DNA。
7.cDNA:互补DNA
以信使RNA为模板合成的DNA,常常采用互补DNA的一条链作为绘制物理图谱时的探针。
8.Complementary sequence:互补序列
以一条核苷酸链为模板,根据碱基互补规则形成的互补链,称为该模板的互补序列。
9.Genomic Library:基因组文库
对某个染色体,制备随机产生的、相互之间有重叠部分的片段的克隆。
10.RISC:(RNA-induced silencing complex)RNA诱导沉默复合物
在RNAi 效应阶段,siRNA双链结合一个核酶复合物从而形成所谓RNA诱导沉默复合物。激活RISC需要一个ATP依赖的将siRNA解双链的过程。激活的RISC通过碱基配对定位到同源mRNA转录本上,并在距离siRNA3'端12个碱基的位置切割mRNA(3, 18, 27, 29)。尽管切割的精确机制现在还是未知,研究表明每个RISC都包含一个siRNA和一个不同于Dicer的RNA酶。
11.Dicer:Dicer酶
RNaseIII家族中特异识别双链RNA的一员,能以一种ATP依赖的方式逐步(processive)切割由外源导入或者由转基因、病毒感染等各种方式引入的双链RNA,切割将RNA降解为19—21bp的双链RNAs(siRNAs),每个片断的3'端都有2个碱基突出(27, 28)。
12.PTGS:(Post-transcriptional Gene Silencing ,PTGS)转录后基因沉默
部分的植物中的基因沉默是在转录后发生的。它是相对于部分植物中发生的转录阶段的基因沉默(TGS)而言的。
13. TGS:(transcriptional gene silencing)转录阶段基因沉默
14.gene silence:基因沉默
研究结果发现有大量的转基因植株不能正常表达,通常这并不是由于转基因的缺失或突变引起的,而是基因失活的结果.这种失活的现象称为基因沉默。
15.RNA transfection:RNA转染。
16.Sense RNA:正义链RNA
17.Antisense RNA:反义链RNA。
18.19 2 2 nt siRNA:
在细胞中双链RNA一般都被切割成21-23小片段,这样的RNA片段能达到更好的RNAi 作用。人工合成的siRNA也是依据这个原理,所合成的RNA就是19nt的碱基序列再加上两端的识别序列如-GG,-TT等。
19.SECssiRNA expression cassettes)siRNA表达框架
一种由PCR得到的siRNA表达模版,能够直接导入细胞进行表达而无需事前克隆到载体中。
20.Homologies:同源性
指同种类不同个体或者不同种类个体之间的,染色体或者蛋白质序列的相似性
21.Homologous Chromosome:同源染色体
一对染色体,分别来自父本和母本,染色体上有着相同的线性基因序列。
22.Recombinant Clone:重组克隆