【共享】RNAi相关术语-(扫盲篇)
丁香园
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做RNAi的战友可以先学习学习了。
1、PTGS
转录后基因沉默（post transcriptional gene silencing）一种首先在植物中确定，然后发现在动物中也存在的现象。尽管PTGS最初被描述作一种病毒防御和转位子沉默的内源方法，现在它已经成为一种新的令人激动的研究工具――RNA干扰。
2、协同抑制（Cosuppression）
基因沉默的一种特殊情况，来源于转基因的RNA与同源内源基因同时被抑制。
3、静息作用（Quelling）
用于在粉色面包霉菌（Neurospora crassa）中描述协同共抑制。这个术语仅仅用来在真菌中描述沉默。
4、dsRNA
双链RNA（Double-stranded RNA）通常指长的或者全长的RNA双链。这些大的dsRNA在大多数哺乳动物细胞类型中全面启动宿主细胞的关闭（shutdown）；随后细胞开始降低非靶标基因的表达，最终经历凋亡（apoptosis）。
5、RISC
RNA诱导沉默复合体 （RNA-induced silencing complex）即所推测的多蛋白复合物，将siRNA和细胞内mRNA结合到一起，激活裂解机制（可能是内切核苷酸的），释放mRNA并进行降解。
6、shRNA
短的发夹RNA （Short hairpin RNA）也称短的干扰发夹 （short interfering hairpin）；在体内通过RNAi降低互补序列基因的表达。
7、Pol III 启动子
Pol III 启动子 U6或者HI（Pol III promoter，U6 or HI），通常用来驱动shRNA的产生。Pol III 启动子具有在某一确定起始位点上游启动转录所需要的全部元件。
8、Pol III 终止子
Pol III终止子（ Pol III terminator）；4个或者更多个T,提供Pol III依赖的转录终止。
9、U6 启动子
U6 启动子（U6 promoter）一种pol III型启动子，允许产生确定末端的小RNA(参看pol III启动子)。
10、入门载体 （entry vector）
包含attL位点，用来克隆DNA片段的Gateway®载体。U6入门载体, pENTR®/U6，专门设计使用U6 pol III型启动子和终止子序列，RNAi靶序列克隆进入后将在哺乳动物细胞中形成shRNA。
11、目的载体（destination vector）
适合的目的载体（DEST）包含attR位点，可以与入门克隆进行重组，构建表达载体。BLOCK-iT™ RNAi慢病毒和腺病毒 DEST载体接受来自U6入门载体的RNAi框。此外，也有在原核、酵母、昆虫或者哺乳动物系统表达天然蛋白或者融合蛋白的DEST载体可供选择。
12、LR Clonase
便于attL和 attR位点在LxR Gateway®重组反应中进行重组的一种酶混合物，可以把DNA序列从入门载体转移到目的载体。
13、19 2 2 nt siRNA
在细胞中双链RNA一般都被切割成21-23小片段，这样的RNA片段能达到更好的RNAi 作用。人工合成的siRNA也是依据这个原理，所合成的RNA就是19nt的碱基序列再加上两端的识别序列如-GG，-TT等。
14、SECs
(siRNA expression cassettes)siRNA表达框架一种由PCR得到的siRNA表达模版，能够直接导入细胞进行表达而无需事前克隆到载体中。
15、Dicer：Dicer酶
RNaseIII家族中特异识别双链RNA的一员，能以一种ATP依赖的方式逐步（processive）切割由外源导入或者由转基因、病毒感染等各种方式引入的双链RNA，切割将RNA降解为19—21bp的双链RNAs(siRNAs)，每个片断的3'端都有2个碱基突出(27, 28)。
1、PTGS
转录后基因沉默（post transcriptional gene silencing）一种首先在植物中确定，然后发现在动物中也存在的现象。尽管PTGS最初被描述作一种病毒防御和转位子沉默的内源方法，现在它已经成为一种新的令人激动的研究工具――RNA干扰。
2、协同抑制（Cosuppression）
基因沉默的一种特殊情况，来源于转基因的RNA与同源内源基因同时被抑制。
3、静息作用（Quelling）
用于在粉色面包霉菌（Neurospora crassa）中描述协同共抑制。这个术语仅仅用来在真菌中描述沉默。
4、dsRNA
双链RNA（Double-stranded RNA）通常指长的或者全长的RNA双链。这些大的dsRNA在大多数哺乳动物细胞类型中全面启动宿主细胞的关闭（shutdown）；随后细胞开始降低非靶标基因的表达，最终经历凋亡（apoptosis）。
5、RISC
RNA诱导沉默复合体 （RNA-induced silencing complex）即所推测的多蛋白复合物，将siRNA和细胞内mRNA结合到一起，激活裂解机制（可能是内切核苷酸的），释放mRNA并进行降解。
6、shRNA
短的发夹RNA （Short hairpin RNA）也称短的干扰发夹 （short interfering hairpin）；在体内通过RNAi降低互补序列基因的表达。
7、Pol III 启动子
Pol III 启动子 U6或者HI（Pol III promoter，U6 or HI），通常用来驱动shRNA的产生。Pol III 启动子具有在某一确定起始位点上游启动转录所需要的全部元件。
8、Pol III 终止子
Pol III终止子（ Pol III terminator）；4个或者更多个T,提供Pol III依赖的转录终止。
9、U6 启动子
U6 启动子（U6 promoter）一种pol III型启动子，允许产生确定末端的小RNA(参看pol III启动子)。
10、入门载体 （entry vector）
包含attL位点，用来克隆DNA片段的Gateway®载体。U6入门载体, pENTR®/U6，专门设计使用U6 pol III型启动子和终止子序列，RNAi靶序列克隆进入后将在哺乳动物细胞中形成shRNA。
11、目的载体（destination vector）
适合的目的载体（DEST）包含attR位点，可以与入门克隆进行重组，构建表达载体。BLOCK-iT™ RNAi慢病毒和腺病毒 DEST载体接受来自U6入门载体的RNAi框。此外，也有在原核、酵母、昆虫或者哺乳动物系统表达天然蛋白或者融合蛋白的DEST载体可供选择。
12、LR Clonase
便于attL和 attR位点在LxR Gateway®重组反应中进行重组的一种酶混合物，可以把DNA序列从入门载体转移到目的载体。
13、19 2 2 nt siRNA
在细胞中双链RNA一般都被切割成21-23小片段，这样的RNA片段能达到更好的RNAi 作用。人工合成的siRNA也是依据这个原理，所合成的RNA就是19nt的碱基序列再加上两端的识别序列如-GG，-TT等。
14、SECs
(siRNA expression cassettes)siRNA表达框架一种由PCR得到的siRNA表达模版，能够直接导入细胞进行表达而无需事前克隆到载体中。
15、Dicer：Dicer酶
RNaseIII家族中特异识别双链RNA的一员，能以一种ATP依赖的方式逐步（processive）切割由外源导入或者由转基因、病毒感染等各种方式引入的双链RNA，切割将RNA降解为19—21bp的双链RNAs(siRNAs)，每个片断的3'端都有2个碱基突出(27, 28)。
