芯片常见问题分析

1、芯片实验和定量PCR的优劣比较？

基因表达谱芯片实验可以对大量基因一次性进行定量研究,定量PCR则对大量基因需逐一进行定量研究。

2、在芯片制作过程中的PCR原液是否可以为客户保存？

可以抽干冷冻保存一年。

3、可否用DNA和芯片杂交？

不可以，因为芯片上的样品是cDNA而真核基因DNA中普遍存在內显子，核酸杂交无法顺利进行。

4、对于临床症状不明显的的遗传病，如何取样？

可以从病人抽取血样或者骨髓。

5、如何保存血样？

将血样中血细胞分离出来，然后-80℃低温保存。

6、脱落细胞是否都是死亡的细胞,，其中是否可以抽提mRNA？

不完全是死亡的细胞, 但是mRNA的含量比较少, 建议最好用正常细胞抽提mRNA。

7、完成一张芯片的实验,需要的细胞的量是多少？

需要5×10⁶的细胞量。

8、提供的电泳图和OD值如何评价mRNA的质量？

电泳图可以分析mRNA和总RNA是否降解，OD值可以判断纯度。

9、是否可以将同一症状的病例混合后抽提，看共性表达？

可以。

10、芯片是否可以重复使用？

不可以。

11、杂交后的芯片如何保存？

避光常温保存几个星期。 

12、在实验前期,如何定参照物？

根据实验设计来确定使用共同参照物还是各自的参照物。

13、如何消除基因芯片实验中的个体差异？

可以使用同一样品重复芯片实验，取其共性,获得可靠的数据结果。

14、芯片在杂交过程中为什么会发生非特异性杂交， 如何降低？

这是由于DNA碱基错配造成，提高芯片杂交后洗脱液的温度可以降低非特异性杂交。

15、芯片上基因cDNA是从什么组织中取得的？

芯片上基因cDNA来源于美国I.M.A.G.E.项目，是从人的各种组织中分离确定的，并且每个基因cDNA具有明确功能定义的，与其它基因不相重复的。

16、芯片上有多少条有效基因？

目前芯片上的有效基因数目最多有7500条，每条基因都有明确的功能定义，不相重复。

17、基因表达谱芯片是如何进行分类的？

基因表达谱芯片是根据芯片的用途来分类的，每种芯片上包括与特定用途相关的基因。

18、表达谱芯片是否可以按照器官来进行分类？

不可以。

19、基因芯片的假阳性率是多少？

一般控制在1%～2%。

20、芯片制作中如何控制芯片的质量？

控制芯片的质量主要要以下几个方面：玻片的选择、点样的规范、固定率、芯片的背景、有效的避免融点等。

21、实验结果中的荧光信号散点图有何意义？

可以直观反映杂交后的差异表达与正常表达的比率，显示相关度和实验结果的好坏。

22、扫描背景不清楚会对实验结果产生什么影响？

会导致实验结果混乱，而导致实验失败。如果是杂质污染等原因造成，可以通过洗片解决；如果是mRNA不纯，则需要重新抽提。

23、实验失败有几种原因？

mRNA的降解，MRNA的纯度差，反转录酶失败，标记效率低，CY3容易见光降解。

24、得到实验的结果后，可以进行那些研究的工作？

可以通过基因的差异表达，寻找目标基因，进行聚类分析，对差异基因进行进一步的功能研究。