【原创】marker常见问题分析

1 DNA条带不见或很淡，可能的原因及解决的方法：

a DNA marker 上样量不够
按照说明书加样，或者根据自己的实验样品调整加样。

b DNA电泳跑出凝胶
电泳时，将溴酚蓝跑到胶长的2/3处即可停止电泳。更小的DNA片段可能需要电泳的时间更短。比如1/2

c DNA条带被示踪染料所遮盖
选用不同的电泳loading dye，使待检测的DNA样品避开示踪染料的干扰，或者适当降低loading dye用量。

d 凝胶中未加核酸染料，或者后染时核酸染色不均匀。
比如过夜存放的凝胶中的EB会分解很多，第二天使用，DNA条带明显变弱。因此使用EB作为核酸染料的凝胶最好是当天使用。少数剩余的凝胶想第二天使用，需要在凝胶中加入适当的缓冲液，最好用封口膜盖好。

2 条带弥散或分离不开条带

a DNA有部分降解。

b 电泳时电压过低，使DNA调低发生扩散。4-10v/cm即电极距离4~F10就为使用电压的范围。一般情况是80-200v。

c DNA上样量过大，条带变粗，条带间不易分离。

d使用不合适浓度的琼脂糖凝胶。参照各浓度的琼脂糖凝胶对应的有效分离范围重新制备凝胶。

e 适当减少加样体积，可以明显的改善电泳条型。

f 凝胶质量差，使用高质量的凝胶。

3 电泳时marker前端条带容易变弱或是丢失

特指使用EB作为核酸染料时，由于EB与DNA结合能力比较弱，并且EB与dna电泳方向相反。当电泳时DNA条带跑到EB的前沿，EB有很大一部分与DNA脱落,DNA条带将变弱。因此，电泳时，溴酚蓝跑到凝胶处即可停止电泳，gelred核酸染料与DNA结合牢固，不会出现电泳时间长，条带会变弱。

4 样品条带与DNA marker相比，出现大小不一致的现象

DNA的迁移不仅与其实际大小相关，与是否结合蛋白、离子状态、DNA结构、凝胶等都有关。
若果用sybr green1 gelred等核酸染料时，核酸电泳迁移率与dna染料的量的比例关系很重要，当核酸染料比例不足时，就会发生迁移率误差较大的情况。

如果样品含有较高的盐离子浓度时，也会引起较大的迁移误差。

样品上样量与DNA ladder条带的量相差较大或者体积相差较大时，也会引起较大的迁移误差，最好是将混好loading buffer 后的样品体积与dna ladder体积比较接近，这样可以跑出理想的结果。

5 为什么marker条带非常模糊

出现上述情况可能的原因有：

1 marker条带出现降解，请确认在使用过程中核酸酶污染。

2 电泳缓冲液陈旧。电泳缓冲液多次使用后，离子浓度降低，ph值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳的效果，建议经常更换电泳缓冲液。

3 电泳条件不合适。电泳时电压不超过20v/cm，温度应低于30℃。

4 marker上样量过多。请根据说明书选用合适的上样量（捷瑞5ul）

5 凝胶质量不好。建议选用较好的琼脂糖。凝胶凝固不均匀也会使得marker条带模糊。

6 为什么marker条带出现不规则的条带（哑铃状）

1 电泳缓冲液陈旧。 电泳缓冲液多次使用后，离子浓度降低，ph值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳的效果，建议经常更换电泳缓冲液。2 电泳条件不合适。电泳时电压不超过20v/cm，温度应低于30℃。此外，凝胶质量差和凝固不均与都会出现不规则的条带。

7 为什么marker条带非常弱或者没有条带

1上样量较低，可以适当的增加上样量。

2 凝胶质量较差或者凝固不均匀也会导致条带变弱或者根本没有条带。

3 电泳时间长，导致条带跑出凝胶，可缩短电泳时间，降低电压，提高胶浓度。

8 为什么marker缺带

1 小条带可能跑出凝胶或分子量大小非常相近的条带不易辨认所致，可适当缩短电泳时间，降低电压，同时提高胶浓度 2 凝胶中EB含量过低，导致大片段结合EB量太少或者没有，在紫外灯下亮度太低，可适当增加EB的量。