想求高手帮忙设计几对引物
丁香园论坛
1090
各位园友大家好，我想从蛋鸡的腹脂中提取RNA，进行RT-PCR,以beta-actin为内参，测定蛋鸡腹脂中激素敏感脂肪酶（HSL）和脂蛋白脂酶（LPL)mRNA的丰度.
现需要设计几对引物。扩增激素敏感脂肪酶（HSL)基因的引物，扩增脂蛋白脂酶(LPL)基因的引物以及内参beta-actin的引物。beta-actin分别在这两种酶表达中作为内参时它的引物是否也不一样，会因酶而异。我从NCBI上查到这两种酶以及内参在禽类上的序列，其中脂蛋白脂酶的有：
NM_205282 Reports Links
Gallus gallus lipoprotein lipase (LPL), mRNA
gi|49258193|ref|NM_205282.1|[49258193]
607:Chicken mRNA for adipose lipoprotein lipase (EC 3.1.1.34)
gi|63573|emb|X14670.1|GGLPL[63573]
608: X60547 Reports Links
Chicken lipoprotein lipase gene
gi|62935|emb|X60547.1|GDLIPLIP[62935]
激素敏感脂肪酶的序列有：
XM_427547 Reports Links
PREDICTED: Gallus gallus similar to Hormone sensitive lipase (HSL) (LOC429991), partial mRNA
gi|50782630|ref|XM_427547.1|[50782630]
内参的序列有：
31: X00182 Reports Links
Gallus gallus cytoplasmic beta-actin gene
gi|63017|emb|X00182.1|GGAC01[63017]
: K02173 Reports Links
33:Chicken embryonic cytoplasmic beta-actin mRNA
gi|211054|gb|K02173.1|CHKACBI[211054]
37: L08165 Reports Links
Gallus gallus beta-actin mRNA, complete cds
gi|211236|gb|L08165.1|CHKBACTN[211236]
38: K02259 Reports Links
Chicken beta-actin gene, 5' end
gi|211086|gb|K02259.1|CHKACTB[211086]
Genebank中激素敏感脂肪酶序列在鸡上的报道似乎不多，猪上倒是不少，怕同源性低，不太敢用。每种基因都有这麽好几个序列，不知设计引物要根据那个序列来进行。请高手指点。我是个生手，虽然下载了引物设计软件，可也不太会用。再加上时间紧迫，年前要做完。也来不及慢慢钻研。我想请精通引物设计的xdjm帮个忙，帮我设计这几对引物，不胜感激。我想把内参和目的基因放在同一个管中扩增，这样可行否。期盼你的帮助。在你也许只是举手之劳，在我却是一个莫大的帮助。
现需要设计几对引物。扩增激素敏感脂肪酶（HSL)基因的引物，扩增脂蛋白脂酶(LPL)基因的引物以及内参beta-actin的引物。beta-actin分别在这两种酶表达中作为内参时它的引物是否也不一样，会因酶而异。我从NCBI上查到这两种酶以及内参在禽类上的序列，其中脂蛋白脂酶的有：
NM_205282 Reports Links
Gallus gallus lipoprotein lipase (LPL), mRNA
gi|49258193|ref|NM_205282.1|[49258193]
607:Chicken mRNA for adipose lipoprotein lipase (EC 3.1.1.34)
gi|63573|emb|X14670.1|GGLPL[63573]
608: X60547 Reports Links
Chicken lipoprotein lipase gene
gi|62935|emb|X60547.1|GDLIPLIP[62935]
激素敏感脂肪酶的序列有：
XM_427547 Reports Links
PREDICTED: Gallus gallus similar to Hormone sensitive lipase (HSL) (LOC429991), partial mRNA
gi|50782630|ref|XM_427547.1|[50782630]
内参的序列有：
31: X00182 Reports Links
Gallus gallus cytoplasmic beta-actin gene
gi|63017|emb|X00182.1|GGAC01[63017]
: K02173 Reports Links
33:Chicken embryonic cytoplasmic beta-actin mRNA
gi|211054|gb|K02173.1|CHKACBI[211054]
37: L08165 Reports Links
Gallus gallus beta-actin mRNA, complete cds
gi|211236|gb|L08165.1|CHKBACTN[211236]
38: K02259 Reports Links
Chicken beta-actin gene, 5' end
gi|211086|gb|K02259.1|CHKACTB[211086]
Genebank中激素敏感脂肪酶序列在鸡上的报道似乎不多，猪上倒是不少，怕同源性低，不太敢用。每种基因都有这麽好几个序列，不知设计引物要根据那个序列来进行。请高手指点。我是个生手，虽然下载了引物设计软件，可也不太会用。再加上时间紧迫，年前要做完。也来不及慢慢钻研。我想请精通引物设计的xdjm帮个忙，帮我设计这几对引物，不胜感激。我想把内参和目的基因放在同一个管中扩增，这样可行否。期盼你的帮助。在你也许只是举手之劳，在我却是一个莫大的帮助。
