【求助】怎样寻找调控A蛋白的上游调控基因
丁香园论坛
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向各位高手求助,A蛋白,被RNAi后,可以延长秀丽线虫寿命,它的这个作用部分依赖于DAF-16转录因子的调控,但研究证明,其对线虫寿命的影响还有部分不依赖DAF-16的调控,我希望能够寻找可能参与的其他信号通路,该如何设计实验?
可以同时制备一个针对A蛋白的RNAi干扰模型和过表达模型,然后用表达芯片分析哪些基因发生了明显的下调和上调,再根据这些基因寻找相关的信号通路。我曾做过类似的实验,如有需要可以互相交流一下,手机:15921609870 QQ:57325595
题目是寻找上游调控基因,正文又说A蛋白的作用部分依赖于未知基因,想让楼主澄清一下概念,假如B基因对A基因起上位效应,那么B到底应该在A的上游还是下游?
如果要找A的下游基因,按照楼上的说法去做即可,如果要找A的上游基因,可能要用到一些穷举的思路。当然,你还可以通过各种生物信息学的手段分析A基因及其产物的序列,进而预测与A相互作用或催化A的修饰或调控A的表达的B蛋白到底有哪些,然后再通过一系列蛋白组学及细胞学实验验证这种调控作用。当然,对于A的下游基因的预测,这些生物信息学手段也是可行的。
如果要找A的下游基因,按照楼上的说法去做即可,如果要找A的上游基因,可能要用到一些穷举的思路。当然,你还可以通过各种生物信息学的手段分析A基因及其产物的序列,进而预测与A相互作用或催化A的修饰或调控A的表达的B蛋白到底有哪些,然后再通过一系列蛋白组学及细胞学实验验证这种调控作用。当然,对于A的下游基因的预测,这些生物信息学手段也是可行的。
补充一下,刚才所讲的穷举思路,通常涉及到文库的筛选。具体的技术包括但不仅仅包括酵母单、双杂交以及酶活试验等。 如果条件不够或者经费有限,不妨找若干个寿命异常的种系,每个种系包含一个已报道的和寿命有关的基因的突变,然后在这些种系中分别抑制A基因的表达,看寿命有没有进一步的变化。这至少能够提示A基因和哪些基因可能处在同一个涉及寿命调节的通路上。
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