【求助】怎样寻找调控A蛋白的上游调控基因
丁香园论坛
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向各位高手求助，A蛋白，被RNAi后，可以延长秀丽线虫寿命，它的这个作用部分依赖于DAF-16转录因子的调控，但研究证明，其对线虫寿命的影响还有部分不依赖DAF-16的调控，我希望能够寻找可能参与的其他信号通路，该如何设计实验？
可以同时制备一个针对A蛋白的RNAi干扰模型和过表达模型，然后用表达芯片分析哪些基因发生了明显的下调和上调，再根据这些基因寻找相关的信号通路。我曾做过类似的实验，如有需要可以互相交流一下，手机：15921609870 QQ:57325595
题目是寻找上游调控基因，正文又说A蛋白的作用部分依赖于未知基因，想让楼主澄清一下概念，假如B基因对A基因起上位效应，那么B到底应该在A的上游还是下游？
如果要找A的下游基因，按照楼上的说法去做即可，如果要找A的上游基因，可能要用到一些穷举的思路。当然，你还可以通过各种生物信息学的手段分析A基因及其产物的序列，进而预测与A相互作用或催化A的修饰或调控A的表达的B蛋白到底有哪些，然后再通过一系列蛋白组学及细胞学实验验证这种调控作用。当然，对于A的下游基因的预测，这些生物信息学手段也是可行的。
如果要找A的下游基因，按照楼上的说法去做即可，如果要找A的上游基因，可能要用到一些穷举的思路。当然，你还可以通过各种生物信息学的手段分析A基因及其产物的序列，进而预测与A相互作用或催化A的修饰或调控A的表达的B蛋白到底有哪些，然后再通过一系列蛋白组学及细胞学实验验证这种调控作用。当然，对于A的下游基因的预测，这些生物信息学手段也是可行的。
补充一下，刚才所讲的穷举思路，通常涉及到文库的筛选。具体的技术包括但不仅仅包括酵母单、双杂交以及酶活试验等。 如果条件不够或者经费有限，不妨找若干个寿命异常的种系，每个种系包含一个已报道的和寿命有关的基因的突变，然后在这些种系中分别抑制A基因的表达，看寿命有没有进一步的变化。这至少能够提示A基因和哪些基因可能处在同一个涉及寿命调节的通路上。
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