土井挞克树
可以利用数据库查找基因的上游调控因子,比如regulation prediction分析工具可以给出答案。
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你这是要往上游推, 首先通过UCSC或NCBI找到目的基因(你那转录因子的基因)的启动子区,然后用一些预测工具(如TFSearch)初步预测一下该基因的启动子区可能会结合那些转录因子(即你那转录因子基因的上游转录因子)。选择你认为你感兴趣的上游转录因子,先去PUBMED上看看目前的研究进展。如果要实验验证,就先knockdown这个上游转录因子,然后检测你那个基因(就你那个转录因子的基因)的表达,如果它的表达也发生了变化,说明二者具有调控关系,但不一定是上下游基因的关系,有可能是间接调控。如果要证明直接的上下游基因,那么用ChIP看二者有没有直接的结合;还要通过荧光素酶实验,验证转录调控作用。
huarenqiang5
先通过shRNA干扰找到转录因子基因的表达调控因子,再通过CHIP来寻找表达调控因子的基因。
sswei
要获得一个基因受上游调控的转录因子可以通过DNA pull down和生信预测方法。