【求助】如何找到转录因子的上游调控因子
丁香园论坛
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各位战友前辈，
最近在研究一转录因子在细胞分化中的作用。
想把课题在深化一下，想查找一下该转录因子的上游。请问应使用什么样的试验方法，有没有相关的参考文献。
不胜感激。
最近在研究一转录因子在细胞分化中的作用。
想把课题在深化一下，想查找一下该转录因子的上游。请问应使用什么样的试验方法，有没有相关的参考文献。
不胜感激。
同样的问题，希望有人赐教
我也是一个初学者，不知我的想法对不对，供参考。先通过shRNA干扰找到转录因子基因的表达调控因子，再通过CHIP来寻找表达调控因子的基因。
你这是要往上游推，
首先通过UCSC或NCBI找到目的基因（你那转录因子的基因）的启动子区，然后用一些预测工具（如TFSearch）初步预测一下该基因的启动子区可能会结合那些转录因子（即你那转录因子基因的上游转录因子）。选择你认为你感兴趣的上游转录因子，先去PUBMED上看看目前的研究进展。
如果要实验验证，就先knockdown这个上游转录因子，然后检测你那个基因（就你那个转录因子的基因）的表达，如果它的表达也发生了变化，说明二者具有调控关系，但不一定是上下游基因的关系，有可能是间接调控。
如果要证明直接的上下游基因，那么用ChIP看二者有没有直接的结合；还要通过荧光素酶实验，验证转录调控作用。
首先通过UCSC或NCBI找到目的基因（你那转录因子的基因）的启动子区，然后用一些预测工具（如TFSearch）初步预测一下该基因的启动子区可能会结合那些转录因子（即你那转录因子基因的上游转录因子）。选择你认为你感兴趣的上游转录因子，先去PUBMED上看看目前的研究进展。
如果要实验验证，就先knockdown这个上游转录因子，然后检测你那个基因（就你那个转录因子的基因）的表达，如果它的表达也发生了变化，说明二者具有调控关系，但不一定是上下游基因的关系，有可能是间接调控。
如果要证明直接的上下游基因，那么用ChIP看二者有没有直接的结合；还要通过荧光素酶实验，验证转录调控作用。
liangxiaolei wrote:
你这是要往上游推，
首先通过UCSC或NCBI找到目的基因（你那转录因子的基因）的启动子区，然后用一些预测工具（如TFSearch）初步预测一下该基因的启动子区可能会结合那些转录因子（即你那转录因子基因的上游转录因子）。选择你认为你感兴趣的上游转录因子，先去PUBMED上看看目前的研究进展。
如果要实验验证，就先knockdown这个上游转录因子，然后检测你那个基因（就你那个转录因子的基因）的表达，如果它的表达也发生了变化，说明二者具有调控关系，但不一定是上下游基因的关系，有可能是间接调控。
如果要证明直接的上下游基因，那么用ChIP看二者有没有直接的结合；还要通过荧光素酶实验，验证转录调控作用。
注：先knockdown这个或这些转录因子。因为你感兴趣的上游转录因子可能有好几个（广撒网嘛）
谢谢楼上的战友，你的建议对我帮助很大。
不错 只是自己还不太理解
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