ChIP实验研究转录因子，调控因子结合的DNA和组蛋白结合的NDA操作上最大的区别是什么？

实际操作上就是转录因子的必须要用甲醛固定，组蛋白看情况，在组蛋白表达的多的情况下可以不使用甲醛进行固定。其余过程就是解交联的时间，组蛋白要适当的增加解交联的时间。

将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

ChIP实验中由于组蛋白在染色质中表达相对较高，表达也较稳定，转录调控因子表达水平很低，往往是瞬时表达。所以组蛋白研究起来更为容易，一般需要105-106个细胞即可完成一个ChIP反应。研究起始样本量（细胞，组织）要是组蛋白的10倍，一般每个反应至少需要107个细胞。另外有些转录因子比较大，往往结合多个核小体，因此在染色质断裂的时候，不太适合使用酶法的处理方式，建议使用超声断裂染色质的方法。因为酶法是化学处理，消化的位点往往比较均一，多是在核小体的连接处，酶消化有可能将核小体断裂的同时打断转录因子与DNA的结合。