【求助】如何寻找某个蛋白的下游靶位，

各位老师好，
我想问一下，如何寻找一个已知蛋白和其他因子是否结合，以及探寻该蛋白是否作用某些未知的基因？问题问的不好，希望各位老师能帮忙

Co-IP,打质谱

1） 如果是要检验一个蛋白和另外的一个目的蛋白是否结合，有很多方法，包括免疫共沉淀（IP）,pulldown（包括GST和His tag的pulldown等等），免疫荧光染色共定位，BIACORE，FRET（或者BRET）甚至还有超速离心的方法，可以查阅相关的文献。就看你的蛋白具体情况，要具体分析了。

2）如果是要寻找已知蛋白的未知结合蛋白，最好用大规模的筛选，包括酵母双杂交，Tandem Affinity Purification (TAP)，甚至是用带tag的已知蛋白去和细胞裂解液混合后跑SDS-PAGE或者是2-D，然后银染，挖点并测序等等。

3） 如果是要寻找是否于某些基因结合，那么预测一下他是否含有与DNA结合的序列，或者可以通过Chromatin immunoprecipitation (ChIP)来检测一下。

4） 如果只是要检测这个蛋白是否能够调节某个基因的表达，可以简单一点的实验，包括Luciferase reporter assay，real time PCR等等。

希望对你有所帮助。欢迎交流。

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酵母双杂交 pulldown 入手
楼上的 想问一下超速离心的方法 有相关文献吗

呵呵，这个其实是分析超离技术（analytical ultracentrification），算是比较新的一个技术，目前在国内应该用的还不是很多，仅有几个大的实验室用到。

简单地说，其原理是利用实时监测系统监测和分析超速离心机中各种组分的沉降系数。如果两个纯的蛋白没有结合时，会出现这两个蛋白的沉降系数；而如果又结合的时候，这两个蛋白的结合体会形成一个新的沉降系数，从而通过沉降系数来判断两个蛋白相互作用。

附上一片参考的文献，呵呵。

想了解下以下问题：
3） 如果是要寻找是否于某些基因结合，那么预测一下他是否含有与DNA结合的序列，或者可以通过Chromatin immunoprecipitation (ChIP)来检测一下。

请问战友，怎么预测他是否含有与DNA结合的序列？我知道有些在线网站可以预测某段DNA序列（如启动子）可能的结合因子，但如何预测一个蛋白与DNA结合的序列？

目前主要有两种的预测与DNA结合的蛋白的预测方法。

第一种是蛋白质的结构已经知道或者是已经预测过了，这种情况下预测的结果比较可靠，这类型的软件网上比较容易找到，就不说了。

第二种是直接通过蛋白质的一级结构，也就是氨基酸序列来预测与DNA的结合位点，这个难度大一点，准确性相对也低一点，有一些在线网站也可以预测这个，像DNAbinder，DP-bind和DISIS等等。可以综合各个软件可以得到比较准确的预测。

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非常感谢，学习了~

学习了

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