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【求助】请教如何寻找RNA上结合的蛋白?

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怀疑我所研究的mRNA一段约300bp的序列上结合了一个RNA binding protein,但是无从下手,不知道有什么方法可以将这个蛋白鉴定出来?

望高手指教。
可采用RNA与蛋白质相互作用实验,比如:EMSA (electrophoretic mobility shift assay)
谢谢! 不过我目前困惑的问题是,那上面结合的可能是哪个蛋白。不知道有没有合适的高通量的筛选方法或者信息学预测手段?
可以用RNA pull down 结合生物质谱试试
如果是新蛋白,就利用RNA与蛋白相互作用实验吊到该蛋白,然后质谱某肽段,再与肽库比对再次确定是已知还是未知,未知的话可以设计简并性引物做RT-PCR,克隆拿到该基因全长,测序,再进一步研究其功能。

本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

师兄微信号:shixiongcoming

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