【求助】请教如何寻找RNA上结合的蛋白？
丁香园论坛
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怀疑我所研究的mRNA一段约300bp的序列上结合了一个RNA binding protein，但是无从下手，不知道有什么方法可以将这个蛋白鉴定出来？
望高手指教。
望高手指教。
可采用RNA与蛋白质相互作用实验，比如：EMSA （electrophoretic mobility shift assay）
谢谢！ 不过我目前困惑的问题是，那上面结合的可能是哪个蛋白。不知道有没有合适的高通量的筛选方法或者信息学预测手段？
可以用RNA pull down 结合生物质谱试试
如果是新蛋白，就利用RNA与蛋白相互作用实验吊到该蛋白，然后质谱某肽段，再与肽库比对再次确定是已知还是未知，未知的话可以设计简并性引物做RT-PCR，克隆拿到该基因全长，测序，再进一步研究其功能。
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