【求助】全新菜鸟多次摸索碰壁后求高手指导,到底miRNA靶基因预测具体要怎么操作啊!
丁香园论坛
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本人是全新手,现在手上有一些作为对象的miRNA,想要预测它们的靶基因,具体操作到底应该怎样呢?
这段时间经过自己摸索,知道是要用mirbase,tagetscan,starbase来达到目的,也去过这些网站上操作过,但所得结果到底该如何用实在是不知道啊,而且,也不知道自己的这些操作到底有没有意义。虚心求助各位高手,能帮我就下面这个例子解释一下,说说具体流程,感激万分啊!
例如:
现在想对 let-7 miRNA家族的miRNA进行靶基因预测,已知其序列为TGAGGTAGTAGGTTGTATAGTT,在mirbase上直接用序列搜索(这样对吗?),得到多个结果,ID分别为 cel-let-7,hsa-let-7a等等(这些ID都代表什么呢?),点击进cel-let-7,里面说Predicted targets为DIANA-MICROT:cel-let-7 ;MICRORNA.ORG:cel-let-7 ;TARGETSCAN-WORM:cel-let-7 (这三个结果是代表什么呢?如何进一步查询这3个结果的相关内容?)
然后,我自己查询知道应该还从其他软件预测,互相对比,
但去到TARGETSCAN,上面说要输入GENE SYMBOL,miRNA name,我怎么知道刚刚那序列对应的GENE SYMBOL,miRNA name是什么呢?
而到STARBASE时,用TARGET TOOL输入2-8个小RNA序列,能得到一些还算看得懂的结果,但想利用target site intersect查看该miRNA在不同软件间的预测交集时,要输入的GENE SYMBOL或REFSEQ accession到底是在哪里查得的?我试过输入miRNABASEz中得到的ACCESSION名,但无效,是不是有什么基础概念没有搞清呢?
本人是纯新手,开始时希望可以靠自己摸索,但最后觉得应该还是有一些很基础的概念与操作都未知道,实在无法完成,所以才来麻烦各位前辈高手指导,望各位赐教,我一定虚心学习,感恩万分。
这段时间经过自己摸索,知道是要用mirbase,tagetscan,starbase来达到目的,也去过这些网站上操作过,但所得结果到底该如何用实在是不知道啊,而且,也不知道自己的这些操作到底有没有意义。虚心求助各位高手,能帮我就下面这个例子解释一下,说说具体流程,感激万分啊!
例如:
现在想对 let-7 miRNA家族的miRNA进行靶基因预测,已知其序列为TGAGGTAGTAGGTTGTATAGTT,在mirbase上直接用序列搜索(这样对吗?),得到多个结果,ID分别为 cel-let-7,hsa-let-7a等等(这些ID都代表什么呢?),点击进cel-let-7,里面说Predicted targets为DIANA-MICROT:cel-let-7 ;MICRORNA.ORG:cel-let-7 ;TARGETSCAN-WORM:cel-let-7 (这三个结果是代表什么呢?如何进一步查询这3个结果的相关内容?)
然后,我自己查询知道应该还从其他软件预测,互相对比,
但去到TARGETSCAN,上面说要输入GENE SYMBOL,miRNA name,我怎么知道刚刚那序列对应的GENE SYMBOL,miRNA name是什么呢?
而到STARBASE时,用TARGET TOOL输入2-8个小RNA序列,能得到一些还算看得懂的结果,但想利用target site intersect查看该miRNA在不同软件间的预测交集时,要输入的GENE SYMBOL或REFSEQ accession到底是在哪里查得的?我试过输入miRNABASEz中得到的ACCESSION名,但无效,是不是有什么基础概念没有搞清呢?
本人是纯新手,开始时希望可以靠自己摸索,但最后觉得应该还是有一些很基础的概念与操作都未知道,实在无法完成,所以才来麻烦各位前辈高手指导,望各位赐教,我一定虚心学习,感恩万分。
我跟你遇到了一样的问题~想自己找软件做GO分析和PATHWAY分析~让输入GENE SYMBOL,miRNA name~我不知道该输什么进去好~求高手相救~我也是纯新手~顶起!!!!
targrtscan 最下面,输入 hsa-mir-你要的那个,就出来了啊
选择了物种和miRNA种类,结果就出来了啊
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