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筛选miRNA的靶基因

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dxy_l1y15rd2

请问怎么从下载的一个microRNA的靶基因数据中筛选参与肿瘤转移的基因呢?

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3 个回答

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dxyc42u

有帮助

首先通过已有文献报道,进行整理大量可信的“靶基因”(尽量选择影响因子高的文献、样本量大)。经NCBI查找基因编码的NM号(注意物种)。根据您自己的科研目的,选择基因序列中的某一段进行研究。之后进入Snpper网站进一度查找到该基因相对应的NM号,进一步可查到该靶基因的研究序列中的多个点突变位点,可获得该位点的RS号,可在Hapmap网站得到进一度的验证,可查看该位点的突变频率。这样就可以筛到相对可靠的位点啦!

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汤姆卜丽波

有帮助

你可以在肿瘤转移相关数据库中获取基因矩阵,然后和你的基因取交集做韦恩图

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loveliufudan

有帮助

从下载的microRNA靶基因数据中筛选参与肿瘤转移的基因,可以采用以下方法:

1.利用肿瘤转移相关的基因数据库,如OncoTarget、OncoLnc、Cancer Gene Census等,查询靶基因是否为肿瘤转移相关基因。

2.阅读相关文献,查询靶基因在肿瘤转移过程中的作用及其机制。

3.使用肿瘤转移相关的基因表达资源,如TCGA、GEO等,查询靶基因在肿瘤组织中的表达情况。

4.使用肿瘤转移相关的基因网络数据库,如STRING、KEGG、Reactome等,查询靶基因与肿瘤转移相关基因之间的关系。

这些方法都可以帮助你更好的筛选参与肿瘤转移的基因。

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