【求助】过表达目的蛋白后续的通路分析

将一个目的基因在细胞稳定过表达后，用芯片分析有许多细胞因子发生了改变，能证明该基因是怎么起作用的，是跟什么蛋白结合了，通过什么通路等。。。。

哪位战友可以提供一些思路或一些类似的文献，谢谢！

谢谢版主的置顶，也希望广大战友发挥你们的宝贵意见！

其实我们在看文献的时候就会发现，研究一个基因的功能，很多时候不是nockdown ，就是overexpression，然后研究细胞的形态改变，生物学功能（生长，侵袭，移动），致瘤性等等。。。

然而关键的问题在于这个蛋白怎么发挥作用的，一些基因在肿瘤中升高了，再overexpression的话，细胞恶性增强，那么它是通过怎样的途径呢？

在肿瘤中，它本来跟一些蛋白发挥较重要作用的，过表达后，这种作用增强了，第二种情况是，它本来跟一些蛋白发挥较一般作用的，过表达后，目的蛋白能将其他蛋白从其他复合物中争取过来，而体现其他的功能？

希望大家提问时都能够提供比较详细的信息，而不是笼统含糊的问题！

你的问题具有一定的代表性，过表达对生物学功能的影响该怎样分析下一步的信号通路。

先回答一下你的第一个帖子，你说过表达后，用芯片分析，发现有许多细胞因子发生了改变，我想当你得到这个结果时第一个要想到的也是要做的不是先下一步怎样做，而是去验证你的芯片结果。可以参考一下，很多人的经验，大部分的时候你所得到的芯片结果并不可靠，只有验证了这种改变是一个真实的结果，然后再考虑下一步怎么做（RT-PCR或/和蛋白水平的）。

假设是IL-2细胞因子的表达上调，就可以看一下文献参考一下IL-2在细胞内受那些信号通路的影响？比如NF-kappa B 或NFAT关键信号通路相关分子的磷酸化或转录因子的转位是否受到过表达影响？看究竟在哪一个环节上发挥作用？还有假若是多种细胞因子同时发生改变，读文献看一下，这些因子有无共同的信号通路？这样可能实验会更好做些。

你说呢？

谢谢yingshang的建议

结果中变化的细胞因子除了几个如IL-1β，IL-6 IL-12 IL－8等较熟悉外，其他都是不太熟悉，文献较少的因子，而且上述因子的变化倍数都不是很明显

你说的很有道理，根据变化的因子检测已知的通路，这个意见我会采纳的

但根本的问题觉得还没解决，过表达的蛋白如果影响这个通路？处于这个通路的哪个位置就能影响？ 跟通路的 什么蛋白。。。

我想问一下，蛋白过表达是否代表其活性一定增加了？

不是的，蛋白质的功能的调节包括量的调节和活性的调节两种，这两种调节是相对独立的，没有必然的正相关或反相关的联系。

先看看细胞的表型（以对DNA损伤药物敏感性为例）有没有变化，若有变化，则推测该蛋白参与了DNA损伤的修复和（或）DNA损伤信号转导，然后可以检测与DNA损伤的修复和（或）DNA损伤信号转导相关的蛋白（通过文献可以找到）的表达水平、共价修饰、亚细胞定位是否受到该蛋白过表达的影响。

兄弟，你这好像是答非所问吧。目的蛋白过表达之后显然活性会增强，否则就没有意义了。

你所谓的活性的调节应该是蛋白修饰如磷酸化对蛋白活性的影响，这种修饰一般是可逆的过程，如果蛋白表达量增大，相应的修饰反应也会增多，引起活性增强。

目的蛋白过表达之后其活性难道就一定会增加吗？我读过不下500篇关于DNA损伤信号传导的文献，虽然其中涉及到的大多数蛋白过表达之后“相应的修饰反应也会增多，引起活性增强”，但仍有一部分蛋白（如Chk2、NBS1等）并不是由于过表达来从而活性增加的，相反有时候活性还要降低。
谢谢您的关注！我将继续支持该版。

版主所说的“相应的修饰反应也会增多”未免有点武断，试想A蛋白可以磷酸化B蛋白，B蛋白上有多个可以被A蛋白磷酸化的位点，只有当这些位点都被磷酸化的情况下，B蛋白才可以激活C蛋白，表现出其活性，对吧，然后我让B蛋白过表达，而A蛋白仍然维持原表达水平，这种情况下，B蛋白上可能只有有限的磷酸化位点被A磷酸化（你应该知道“僧多粥少”这个成语)，导致的直接后果就是所有的B分子都不能激活C。你觉得我讲的有道理吧？