染色质免疫共沉淀CHIP 超声问题集锦

问题：最近要做CHIP，有一点疑惑：如果超声过程正好把目的基因断开，PCR时应该就检测不到目的基因了啊！有这样的情况吗？

解答：
1. 超声要摸条件，使DNA 片段大都控制在300-500bp（其实200-800bp也可以的），太小了基本都打断了，没法PCR。

2. 设计PCR引物时，产物的长度不要太长100多就可以，产物太长不容易P出来（原因可能就像你想的那样，DNA被打断了）

3. 不同的细胞，不同的固定条件，特别是不同的仪器都不一样的，只能慢慢摸条件，我做ChIP实验，在超声这个地方浪费的时间最多了你说你的条带是100左右，你可以试试：

（1）降低振幅和超声次数（减低的幅度大点）

（2）你确定100bp不是RNA（你电泳前去RNA了吗？），在上样孔前面有没有条带呀（除了超声过了之外，还有可能超声不足，我当时就这样）

问题：最近摸超声条件摸了好一阵子了，感觉条带片段差不多了，怎么做input却扩不出目的基因呢？我的目的基因是318kb，但同时我用其它引物，产物长度分 别为500和800的都能扩出来，唯独想做的目的基因扩不出来，怎么回事呢？用未超声的细胞，目的基因的引物是没有问题的，超声后怎么做不出来了呢？有这 样的情况吗?

解答：未超声的细胞能作出来，说明引物和PCR条件是没有问题的说明是input出了问题（input应该是提了DNA才跑的pcr，不是input直接pcr吧？），而input也就只是超声处理了，说明还是这里出的问题，你超声后片段一般都是多大（超声后直接电泳的，还是提DNA后电泳看的）？可以上个图看看吗？我个人感觉318bp的产物有点大了，100多点就可以，，你说别的产物500/800多能跑出了，这个说明不了太大的问题，毕竟不是一个基因。