蛋白质点的鉴定

以质谱技术为基础的蛋白质鉴定技术，由于其灵敏度高(可以达到皮摩尔)、速度快、易实现自动化已经成为蛋白质组研究中主要的蛋白质鉴定技术。

将胶上蛋白质点进行蛋白酶切、回收酶切肽段后，采用MALDI―TOF―MS测定肽质量指纹谱(peptide mapping fingerprint，PMF)，或采用电喷雾串联质谱(ESI―MS―MS)测定肽序列，分别进行数据库检索，实现蛋白质的鉴定。

如果是蛋白质数据库中不存在的蛋白质，还可以通过特定的检索程序进行基因数据库的分析检索。

MALDI―TOF―MS通过搜寻数据库匹配肽质量指纹图来鉴定和注释蛋白质。肽质量指纹图是由Henzel等于1993年提出，原理是各种蛋白质的氨基酸序列(一级结构)不同，当蛋白质被酶解(最常用的是胰酶)后产生的肽段序列也各异，肽混合物质量亦具特征性，称为肽质量指纹图。

MALDI―TOF―MS可测定出全部肽段的准确相对分子质量，结合蛋白质数据库检索，可实现对蛋白质的快速鉴别和高通量筛选。此外，根据肽段质量数变化，可对基因的插入、缺失、突变进行对比分析。

但肽质量指纹图对其自身而言，不能揭示所衍生的肽片段或蛋白质。为了进一步准确鉴定蛋白质，出现了一系列其他方法来描述肽片段。例如：

①通过末端酶解或化学降解方法从N或C末端按顺序除去氨基酸，形成一组相互之间差一个氨基酸残基的多肽系列。

MALDI―TOF―MS测量肽段质量后，由得到的肽阶梯图中各肽段的相对分子质量差值确定末端的氨基酸序列，再用于数据库查寻。这种间接的肽序列测定技术称为肽阶梯序列技术(peptide ladder sequence)。

②对离子化后的肽片段再进行源后裂解(post source ecay，PSD)或碰撞诱发裂解(collision induced dissociation，CID)。目的是产生包含仅差别一个氨基酸残基质量的一系列肽峰的质谱，由此而推断肽片段氨基酸序列。

串联质谱(MS／MS)技术可直接测定肽段的氨基酸序列，经过两级MS分析所得的各肽段质量数差值推定肽段氨基酸序列，直接用于数据库查寻，即肽序列标签技术(peptide sequencetag，PST)。

依据氨基酸序列进行的蛋白质鉴定比依据肽质量指纹图进行的蛋白质鉴定更准确、更可靠；而且氨基酸序列信息既可检索蛋白质氨基酸序列数据库，也可检索核糖核酸数据库来进行蛋白质鉴定。