如何确定基因的内含子和外显子序列及基因结构

问题如下

我想在NCBI上找猪KIT(FJ938289)基因的结构图以及其内含子和外显子的序列？

基因的内含子和外显子的序列

在NCBI找到基因序列之后，要确定其内含子和外显子的序列是比较简单的。如果是RefSeq序列的话，那就更加容易了。简单的思路就是跟基因组序列比对就行了。

% 用NCBI的Splign工具，详见：图解：如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列 。

% 但由于猪KIT(FJ938289)基因不是Refseq序列。这就比较难了，由该序列的注释可知（/chromosome="8），该序列是属于第8号染色体。

% 所以先确定猪（Pig，Sus scrofa）的第8号染色体是否已经测完序了。先在Taxonomy数据库搜索，得到Taxonomy ID: 9823。直接用关键词

txid9823[Organism:noexp] 搜索Genome数据库。猪有19条染色体，结果为11。

% 但其中并没有第8号染色体的。所以要确定猪KIT(FJ938289)基因的内含子和外显子的序列，好像就不大可能了。反正我是没办法了。

基因结构图

1，NCBI提供的Graphics工具

在NCBI搜索FJ938289之后，接下来用NCBI提供的Graphics工具来查看，就能知道基因的内含子和外显子的序列了（同时也是一个基因结构图哦）。

2，GSDS在线工具：基因结构图

猪KIT(FJ938289)基因运行后的结果看

这个网站界面都很简单，所以就不多讲了，不过不够智能。

3，用BioPerl也用画基因结构图

详看：Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图

~完。应该还有其它画图漂亮的工具，但我都没用过，所以就不大清楚阿。

(责任编辑：大汉昆仑王)