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DNA测序的注意事项

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1. 测序所用模板DNA的量一般按下表要求加入:由于超螺旋质粒产生的信号比松驰的线性双链DNA弱,因此使用超螺旋质粒作为模板时其用量要比其它模板大一些。

模板种类/长度 模板量
200 bp(PCR产物) 16 ng(120 fmol)
3000-5000 bp(超螺旋质粒DNA) 4 mg(2 pmol)
48 000 bp(λ粘粒DNA) 1 mg(31 fmol)

2. 计算与4.5 pmol 相当的引物纳克数可用以下一般公式:

4.5 pmol=1.5 ng×n,其中n为引物碱基数

计算与1 pmol 相当的引物微克数可用以下一般公式:

dsDNA:1 pmol=(6.6×10-4 mg)×n,其中n为模板碱基对数

ssDNA:1 pmol=(3.3×10-4 mg)×n,其中n为模板碱基数

3. 为阻止TaqDNA聚合酶延伸非特异性退火引物,热循环仪必须预热至95℃。温度变换应越快越好。下面的循环时间不包括变温时间。如果你无法确定使用何种模式,建议从模式1开始。

模式1:适用于引物<24碱基或GC含量<50%

95℃2分钟。然后:95℃30秒(变性),42℃30秒(退火),70℃1分钟(延伸)。

模式2:适用于≥24碱基或略短的GC含量≥50%的引物。

95℃2分钟。然后:95℃30秒(变性),70℃30秒(退火/延伸)。

4. 在加入终止溶液之后样品可在4℃保存过夜。

5. 水的质量对于染色的成功极其重要。超纯水(NANOpureR或Milli-QR的水)或双蒸水可获得较好的效果,如果水中有杂质,则低分子量条带可能无法出现。

6. 碳酸钠也非常重要。使用新鲜的,美国化学学会级碳酸钠较好,如Fisher和KodakACS试剂级碳酸钠,一般可获得较好的结果。

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