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表位预测法获取抗原多肽(细胞毒性T细胞表位的鉴定)

相关实验:细胞毒性T细胞表位的鉴定

最新修订时间:

简介

表位预测法获取抗原多肽方法是指特定 MHC I 类分子或 MHC I 类分子家族所结合的 CTL 表位多肽的氨基酸组成有其特定的规律, 因此可以采用计算机预测的方法获取抗原多肽。

原理

表位预测法获取抗原多肽方法的基本原理是指对已鉴定 CTL 表位的氨基酸组成分析发现,某一特定 MHC I 类分子或 MHC I 类分子家族所结合的 CTL 表位多肽的氨基酸组成有其特定的规律,即在某个氨基酸残基位置上,一般只能是某一个或某些氨基酸残基,这被称为基序(motif)或超基序(supermotif)。例如,HLA-A*0201 所能结合的多肽基序的特点是,多肽的第 2 位氨基酸残基为亮氨酸(L)或蛋氨酸(M),第 9 位氨基酸残基是缬氨酸(V)、异亮氨酸(I)或 L;HLA-A2 超基序的特点是,多肽的第 2 位和第 9 位氨基酸残基应是丙氨酸(A)、异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、缬氨酸(V)或苏氨酸(T)。应用基序或超基序预测方法及其他 CTL 表位预测方法(如量化基序法),从抗原的氨基酸序列中筛选出符条件的多肽片段作为候选表位,经多肽合成、RP-HPLC 纯化、质谱分子量鉴定后即可获得候选多肽。
CTL 表位还可通过互联网上的表位预测程序来进行预测,常用的有「BIMAS」(网址:http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/hla_bind/)和「SYFPEITHI」(网址:http://www.syfpeithi.de/Scripts/MHCServer.dll/ EpitopePrediction.htm)。「BIMAS」方法根据所预测 的多肽-MHC 复合物的半解离时间来对多肽片段进行评分和排位;「SYFPEITHI」方法则同时考虑了主要锚定残基和次要锚定残基,并对预测的多肽片段进行评分和排位。在这两种方法的预测结果中,评分越高的多肽片段排位越靠前,其与 MHCI 类分子的亲和力就可能会越高,是 CTL 表位的可能性也就越大。

材料与仪器

器材:计算机

步骤

表位预测法获取抗原多肽方法的基本过程可分为如下几步:
(1)打开网页;
(2)选择 MHC 分子、所需预测的表位多肽的氨基酸残基个数;
(3)输入抗原的氨基酸序列;
(4)点击「submit」或「run」获得预测结果;
(5)从预测结果中选择排位靠前的一些多肽,经合成、纯化、鉴定后,用于后续鉴定研究。

来源:丁香实验

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