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组学样本制备宝典（蛋白质组学、代谢组学）

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问RNAlater 保护液保存的样本，能做代谢组和蛋白质组吗？

loveliufudan

RNAlater是一种RNA保护剂，通常用于保存组织和细胞样本以保护RNA的完整性和稳定性。虽然RNAlater在保存RNA方面表现出色，但它也可以被用于保护代谢物和蛋白质的完整性和稳定性，因此保存在RNAlater中的样本也可以进行代谢组和蛋白质组的分析。在进行代谢组学和蛋白质组学之前，需要先将样本从RNAlater中取出，并用适当的缓冲液洗涤样本，以去除RNAlater中的残留物。此外，在样品

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问蛋白质组学或代谢组学分批检测，数据能再整合到一起分析吗？

loveliufudan

对于蛋白质组学或代谢组学分批检测的数据，可以通过不同的方式进行整合，以便进行综合分析。一种常见的整合方法是批次效应校正。由于蛋白质组学或代谢组学分批检测时可能受到不同实验条件或实验者的影响，因此批次效应校正可以帮助消除这些影响，提高数据的可靠性。通常，批次效应校正可以通过一些统计学方法实现，如正则化、标准化或应用混合模型等。另一种整合方法是采用多元统计学技术，如主成分分析（PCA）、偏最小二乘回归

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问血浆、血清样本做基于质谱的蛋白质组学为什么要去除高丰度蛋白?

loveliufudan

血浆和血清中的蛋白质种类繁多，其中大部分蛋白质都是极低丰度的，而极少数的蛋白质却具有高丰度。这些高丰度蛋白质可以占据大量的质谱信号，使得低丰度蛋白质的检测变得困难，甚至无法检测到。因此，在进行基于质谱的蛋白质组学分析时，需要去除高丰度蛋白质，以便更好地检测低丰度蛋白质。去除高丰度蛋白质的方法有多种，其中最常用的是亲和层析法和尺寸排除层析法。亲和层析法基于高丰度蛋白质和其它蛋白质之间的亲和性选择性地

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问外泌体做蛋白质组学需要去高丰度蛋白吗？

loveliufudan

对于外泌体样本进行蛋白质组学分析时，通常也需要去除高丰度蛋白。外泌体是一种细胞分泌的小囊泡，内含大量不同种类的蛋白质，其中某些蛋白质可能具有极高的丰度，这些高丰度蛋白可能会掩盖住外泌体中其它低丰度蛋白质的信号，影响蛋白质组学分析的准确性和可靠性。一般采用不同的富集方法去除外泌体中的高丰度蛋白，常用的方法包括尺寸排除层析、电泳、超速离心等。这些方法都是通过物理化学性质差异选择性地富集外泌体，同时剔除

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问石蜡样本（FFPE）是否可以进行蛋白质组学？

loveliufudan

石蜡包埋的组织样本（FFPE）通常是组织学和免疫组织化学分析的标准方法，但是由于石蜡处理过程中样本受到的交联和硬化，样品中的蛋白质会发生损伤和部分降解，同时可能会有一定程度的蛋白质交叉链接，使得样品的蛋白质可溶性下降，从而影响蛋白质质谱分析的结果。因此，从FFPE样本中提取蛋白质需要采取一系列的特殊处理方法，以解交联、降解和减少其他的影响。近年来，一些新兴的蛋白质组学方法，如蛋白质组学信号增强技术

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问冻存久了的血清、血浆抽提外泌体做蛋白质组学有啥风险？

loveliufudan

长时间的冻存可能会影响血清、血浆中外泌体的完整性和数量，从而影响外泌体蛋白质组学研究的结果。一些研究表明，冻存时间越长，外泌体的完整性和数量会逐渐降低，从而可能导致假阴性或假阳性结果。此外，冻存的过程中也有可能引起蛋白质的降解和氧化，从而影响外泌体蛋白质组学的结果。因此，为了获得更准确和可靠的结果，最好尽可能在采集后立即进行外泌体的抽提和蛋白质组学分析，或者在短时间内将血清、血浆进行冷冻保存，同时

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问外泌体可以做蛋白质组学的哪些项目？

loveliufudan

外泌体是一种细胞分泌的小囊泡，内含有多种生物大分子，如蛋白质、核酸、脂质等。外泌体可以通过蛋白质组学等方法进行研究，从而发现新的生物标志物、治疗靶点等。常见的外泌体蛋白质组学研究项目包括：外泌体蛋白质鉴定：通过质谱等技术，鉴定外泌体中的蛋白质，包括高丰度蛋白质和低丰度蛋白质。蛋白质富集和分离：通过各种蛋白质富集和分离技术，如凝胶电泳、液相色谱等，对外泌体蛋白质进行分离和富集，以便于后续的分析和鉴定

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问血浆和血清哪个做蛋白质组学比较好？

loveliufudan

血浆和血清是进行蛋白质组学研究的常用样本之一。血浆是血液在抽血后离心去除血细胞后所得的液体，其中含有多种蛋白质，包括补体蛋白、凝血因子、抗体等，是进行蛋白质组学研究的常用样本之一。血清是离心去除血细胞后，不加抗凝剂处理，使其自然凝固，再离心去除凝块后所得的液体，其中也含有多种蛋白质，是进行蛋白质组学研究的另一种常用样本。在进行蛋白质组学研究时，血浆和血清各有其优缺点，选择使用哪种样本需要根据具体的

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问全血可以做蛋白质组学和代谢组学吗？

loveliufudan

全血是一种复杂的生物样本，含有多种生物分子，包括蛋白质、代谢产物、核酸等。因此，全血是进行蛋白质组学和代谢组学研究的常见样本之一。在进行蛋白质组学研究时，可以使用各种技术，如二维凝胶电泳、液相色谱-质谱联用等，从全血中分离、富集和鉴定蛋白质。同时，蛋白质在全血中的浓度较低，需要进行适当的前处理，如血浆分离、蛋白质富集等，以提高检测的灵敏度和准确性。在进行代谢组学研究时，可以使用各种技术，如核磁共振

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问样本是否一定要液氮速冻？

loveliufudan

对于许多生物样本，液氮速冻是常用的保存方法之一。液氮速冻可以迅速将样本温度降至非常低的温度，从而防止样本中生物分子的降解和失活。液氮速冻可以在较长的时间内保存样本并保持其质量，从而使得在后续的实验中获得更加准确和可靠的结果。然而，并不是所有的样本都需要液氮速冻。不同的样本类型和实验目的需要采取不同的保存方式。例如，一些样本类型可以使用低温冰箱(-20℃)或超低温冰箱(-80℃)保存，如细胞、细胞培

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问组织样本需要 PBS 清洗吗？

loveliufudan

PBS是一种常用的缓冲液，常用于细胞培养、细胞洗涤、细胞解离和生物分子提取等实验中。如果您在组织样本处理过程中使用PBS作为洗涤液，则不需要对样本进行PBS清洗。但是，如果您的组织样本在处理过程中受到了污染，比如在组织取材、保存、运输等环节中，可能会受到细菌、真菌、病毒等污染。此时，PBS洗涤不足以去除这些污染物。在这种情况下，您需要对组织样本进行PBS清洗或其他适当的处理，以去除潜在的污染物，以

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问请问做细胞代谢组学如何养细胞已以及如何收养

balalaLy

就是正常养，加药物预或者造模后收集细胞或者培养上清

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问做蛋白组学Prm样本要设定几个重复，重复数在结果中怎么体现？重复数会影响审稿吗

balalaLy

至少3个，重复数体现在统计数据的bar值

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问代谢组学的数据怎么分析

天一湖医者

代谢组学分析数据用于统计分析时，数据集通常为一个N × K的矩阵（X矩阵），N表示N个样本数，每一行代表一个样品， K表示K个变量，每一列代表一个变量，在代谢组学中变量通常是指代谢物含量。最常用的分析方法如图

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问蛋白组学微量样本如何测定？

dxy_gwrp7ndq

可以利用纳米级的液相色谱串联质谱，能同时鉴定并定量少量组织样品中的数百个蛋白。

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问保存几年的样本还能不能做蛋白质组和代谢组？

huarenqiang5

如果是在合适的、无菌的条件下保存下可以做蛋白质组学和代谢组。

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