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单细胞多组学技术与联合应用

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问请问大佬们，对于用愈伤组织进行悬浮培养的植物细胞，如何收集单细胞，并用单细胞悬浮液再进行胚性再生的组织培养呢。万分感谢！

麻黄连翘赤小豆

用液体培养基进行震荡培养获得单细胞，用摇床和适当的三角瓶就可以，转速过大或冲程过大会造成细胞破裂

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问请问肾脏组织做流式细胞术样本怎么处理呀？怎样制成单细胞悬液？

Eason老歌迷

选取合适的肾脏组织。选好的酶溶液1～2ml加入盛有被消化组织的试管中。常规消化20～30min（恒温37℃或室温），消化期间间断振荡或吹打。终止消化，收集细胞悬液，以300目尼龙网过滤，除去细胞，低速离心除去细胞碎片。加入PBS2ml充分混匀，离心弃掉上清。再加入0.5mlPBS重悬细胞。将制备好的单细胞悬液进行荧光标记后上机检测或保存备用。

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问我想请问一下，胎盘组织的单细胞悬液如何制备？

balalaLy

可以参照其它组织的做法，先将组织剪碎，再用胶原酶消化。消化的条件需要根据组织细胞特性进行优化

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问分析凋亡的流式数据，圈定目的细胞时，需要去除黏附细胞吗？从而确定真正的单细胞群。

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分析凋亡的流式数据，圈定目的细胞时，需要去除黏附细胞

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问小鼠新鲜脾脏制备单细胞悬液具体步骤？

Dr_劉医生

不用加淋巴细胞分离液，用裂解液就行，一般就是胶原酶；另外，多个组织样本应该分开处理，细胞要保证活性的话，建议-80℃保存，后期复苏还可以用

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问卵巢组织如何制备单细胞悬液呢？

你好几和户

1. 用PBS清洗组织后放置在培养皿中，用手术刀将组织粗略的切碎。2. 这一步对于提高消化效率至关重要！3. 切碎的组织转移到含有胶原酶解离液的50 mL离心管中（10 mL/组织，但这取决于组织的大小）。4. 拧紧盖子，用封口膜密封。5. 37 °C 孵育45分钟。每10分钟摇晃一次。6. 用100 μm细胞过滤器过滤。450g离心5分钟。7. 小心去除上清液，留下的液体在0.5 mL和1mL之

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问流式细胞术单细胞悬液制备如何获得更明显的分群？

txs900416

T细胞染色要看T细胞的富集程度，例如淋巴器官中，若不分群，主要考虑细胞量过大抗体量不足；若TIL或者其他组织中来源T细胞，还需要考虑细胞分离不好、T细胞丰度较低的因素，建议去除实质细胞背景，加染白细胞标志CD45，圈出cd45阳性细胞群再分析。

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问取小鼠肿瘤组织制备单细胞悬液进行细胞比例测定，必须用新鲜组织吗，能不能用存放的组织？

天一湖医者

细胞比例测定建议最好用新鲜组织。

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问单细胞rna-seq测序的数据分析流程和bulk的rna-seq一样么。

dxy_gwrp7ndq

bulk的表达矩阵是reads比对到基因的数目；单细胞的表达矩阵是reads比对到某个细胞的某个基因的数目(barcode用来区分细胞；UMI用来区分转录本/基因)

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问单细胞测序怎么样最大程度的减少误差呢？要从哪里方面做呢？

whilt-shirt

样本准备原则（1）建议使用宽枪头重悬，以减少对细胞的损伤；（2）每次移液前先混匀细胞悬液，然后从管中部吸取；（3）所有环节都最好在无菌环节下操作、使用无核酸酶的试剂、减少移液步骤以及当可能损伤细胞的时候尽量使用宽枪头等。此外，可用一次性转液管去除离心后的上清液，以减少细胞沉淀的干扰；（4）取样的时候最好设置两个重复，对每个样品计数 2 次，即共计 4 次计数；（5）弃上清时候注意不要破坏细胞沉淀；

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问单细胞测序如何学习分析

彭彭彭文

分亚群，第二步，寻找疾病mαrKer标志物，第三步，功能研究

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问怎样实现单细胞测序数据最大化

迟C迟

单细胞数据分析的第一步就是分亚群（当然前期肯定是需要先做数据预处理的），通过样本比较发现新的细胞亚群或比例差异显著的亚群。亚群分好之后最重要的一步（也是最难的一步）就是对亚群进行细胞类型注释了。我们会结合细胞类型marker基因、细胞类型注释软件和文献数据做比对的方法综合进行注释。第二步：寻找marker标志，根据自己实验数据的分类亚群，找每一个亚群特异表达的marker基因。如果某个亚群只在疾病

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问请问单细胞测序技术，用流式细胞术挑选完免疫细胞后，为什么再进行聚类，有的免疫细胞又被划分成其他种类的免疫细胞了。

whilt-shirt

在进行流式细胞术的数据分析时，圈门的方式和逻辑体现了我们对数据把控的准确性，以及对客观数据的理解性。所以建议在数据分析前一定要自己去搞清楚指标和指标的关系，再来按照一定的逻辑进行圈门才会获得比较客观严谨的结果。首先我们要知道，通常展示的结果大部分的时候都只是流式结果的一小部分，比如我们对一个细胞进行双染，流式的结果信息就有4个，即这群细胞双染的双阳群1个，双阴群1个，单阳群2个；那3染呢？即三阳1

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