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单细胞测序怎么样最大程度的减少误差呢?要从哪里方面做呢?

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tree2013

单细胞测序怎么样最大程度的减少误差呢?要从哪里方面做呢?

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样本准备原则

(1)建议使用宽枪头重悬,以减少对细胞的损伤;

(2)每次移液前先混匀细胞悬液,然后从管中部吸取;

(3)所有环节都最好在无菌环节下操作、使用无核酸酶的试剂、减少移液步骤

以及当可能损伤细胞的时候尽量使用宽枪头等。此外,可用一次性转液管去除离

心后的上清液,以减少细胞沉淀的干扰;

(4)取样的时候最好设置两个重复,对每个样品计数 2 次,即共计 4 次计数;

(5)弃上清时候注意不要破坏细胞沉淀;

(6)某些细胞如 hPBMCs 在 PBS 中易成团状,从而降低细胞有效浓度,因此制

备细胞悬液需迅速,最好在 30 分钟内完成;

(7)最佳上样体积为 2.5 µL-15 µL,建议上样前根据实际需要上样细胞数调整单

细胞悬液浓度;

(8)对于直径较大的细胞如永生化细胞株建议室温下 150 rcf 离心 3 min,对于

直径较小的细胞如 PBMCs 建议室温下 300 rcf 离心 5 min;

(9)重悬细胞浓度建议不要超过 5000 cells/ µL,最理想的范围保持在 700-1200

cells/ µL,此浓度下计数较为准确;

(10)一般选用含 0.04% BSA(400µg/ mL)的 1× PBS 溶液重悬细胞。但 PBS

并不适用于所有细胞,如原代细胞、干细胞等敏感细胞类型可能需要另换缓冲液

以最大程度保证活性,已确定以下溶液对人 293T/17 和小鼠 NIH/3T3 细胞系的

10 ×单细胞操作无影响:

a. Dulbecco’s Phosphate-Buffered Saline(DPBS);

b. Hank’s Balanced Salt Solution(HBSS)。

若在上述缓冲液中无法保证活性,可以选用细胞培养基洗涤细胞,以下培养基已

确定对人 293T/17 和小鼠 NIH/3T3 细胞系的 10×单细胞操作无影响:

Eagle’s Minimum Essential Medium(EMEM)+ 10% FBS;

Dulbecco’s Modified Eagle Medium(DMEM)+ 10% FBS;

Iscove’s Modified Eagle Medium(IMEM) + 10% FBS;

Roswell Park Memorial Institute(RPMI)+ 10% FBS;

Ham’s F12 + 10% FBS;

1:1 DMEM /F12 +10% FBS;

M199。

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