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非靶向代谢组学研究中,针对不同样本类型的前处理差异和注意事项如下:
1. 组织样本:
样品破碎和提取:不同组织可能需要采用不同的破碎和提取方法,如机械破碎、液氮研磨、酸性/碱性溶液等。最佳方法应根据特定组织的特点和研究目的选择。
蛋白质去除:组织样本中通常含有较高的蛋白质含量,需要进行蛋白质去除步骤,以减少蛋白质对代谢物分析的干扰。常见的方法包括有机溶剂沉淀、醇沉淀等。
溶剂萃取:使用有机溶剂(如甲醇、乙腈)进行样品提取,以提取代谢物。
2. 血清和血浆样本:
血浆制备:血液样本需进行离心分离,分离血浆或血清。
血浆蛋白去除:血浆样本中的蛋白质会干扰代谢物的分析,需要进行蛋白质去除步骤,如醇沉淀、有机溶剂沉淀等。
血浆/血清样品冷藏:为了避免样品中代谢物的降解,血浆/血清样品通常需要冷藏保存,并尽量在冻存周期内完成分析。
3. 尿液样本:
样品净化:尿液样本中常含有较高的离子和有机物,可能干扰代谢物的分析。使用固相萃取(SPE)或其他净化方法,如离心滤膜、吸附剂等,进行样品净化。
pH调整:尿液的pH值对一些代谢物的稳定性和析出有影响,根据具体需求可能需要进行pH调整。
4. 细胞样本:
细胞提取:细胞样本需要经过细胞破碎和提取,以释放细胞内代谢物。常见的方法包括机械破碎、超声波破碎、冻融等。
蛋白质去除:细胞样本中的蛋白质会干扰代谢物的分析,需要进行蛋白
土井挞克树
1.组织样本,最好用PBS(磷酸缓冲盐溶液,作为溶剂,起溶解保护试剂的作用)取完之后直接去血
2.对于体液标本,尽早进行实验,避免长时间冻存
waterstech
组织样本建议使用冰冻切片进行DESI空间代谢组学实验;血浆和血清样本可以使用带有正压或负压的SPE装置;尿液样本处理较简单,直接使用有机溶剂稀释进样即可。详细操作可以参考nature protocol等文献中的描述
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