sswei
常见的差异代谢物筛选方法主要有以下三种:
1.倍数变化法(FC值)
2.T检验法(P值、FDR值)
3.(O)PLS-DA法(VIP值)
loveliufudan
对差异代谢物进行进一步筛选可以帮助确定具有生物学意义和潜在重要性的代谢物。下面是一些常见的筛选方法和考虑因素:
1. 统计学显著性:使用适当的统计方法(如t检验、方差分析、FDR校正等)对代谢物进行统计分析,并筛选具有统计学显著差异的代谢物。通常,设定显著性水平(如p值或FDR值)来确定差异的阈值。
2. 折线图和箱线图:绘制代谢物的折线图或箱线图,观察不同组别之间代谢物的分布差异和趋势。根据差异的程度和一致性,选择具有显著差异的代谢物。
3. 折线图和箱线图:绘制代谢物的折线图或箱线图,观察不同组别之间代谢物的分布差异和趋势。根据差异的程度和一致性,选择具有显著差异的代谢物。
4. 生物学相关性和代谢通路分析:使用代谢通路数据库(如KEGG、MetaboAnalyst等)对差异代谢物进行生物学功能和通路分析。通过了解差异代谢物所涉及的生物学过程和通路,进一步确定具有生物学意义的代谢物。
5. 重要性和影响力评估:根据代谢物的相关性、效应大小、生物学重要性和临床意义等因素,评估差异代谢物的重要性和影响力。
6. 复现和验证:在进一步筛选差异代谢物之前,进行独立的实验验证。可以使用独立的样本集进行实验,或者使用其他分析技术(如定量PCR、Western blot等)对代谢物的差异进行验证。
综合考虑以上因素,结合研究目的和背景知识,可以对差异代谢物进行进一步筛选,选择具有生物学意义和潜在重要性的代谢物进行重点研究。
土井挞克树
可以继续做代谢组学对差异代谢物做进一步筛选
waterstech
差异代谢物筛选可以用统计学方法、模型的构建等等,建议更多参考统计学方面的书籍。如果是关于机制方面的研究时,在筛选的过程中也不要只依赖过多的筛选方法,因为有可能会在筛选时丢失重要的信息,还可以去考虑化合物有没有被鉴定,目前已经筛选出的化合物在通路上有没有联系,功能上有没有特殊性等等
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