CO-IP蛋白应该如何制备？

COip最后不要使用超声，延长裂解时间，我之前提蛋白都是常规冰上3小时，每半小时vortex

首先，对于你操作的实验步骤，可能存在以下几个可能导致你未能成功拉下内源性标签抗体的问题：

抗体的特异性：如果抗体不够特异，可能会出现非特异性的交叉反应，导致内源性标签抗体无法成功拉下。

样品处理的问题：你需要确保你的样品处理方法正确，比如使用适当的裂解缓冲液和裂解方式等等。此外，还需要确保你的样品处理充分，尽可能地去除可能干扰标签抗体结合的杂质。

检测方法的问题：你需要确保使用的检测方法对内源性标签抗体具有足够的灵敏度和特异性，以确保你能够准确地检测到标签抗体的结合情况。

至于你的第二个问题，蛋白裂解需要充分，但不一定需要超声。超声的作用是加速蛋白的裂解，但如果裂解缓冲液的成分和浓度选择得当，超声并不是必须的。此外，超声可能会对蛋白质结构造成不可逆的影响，因此需要根据具体实验的需要和样品的特性进行判断。一般来说，选择合适的裂解缓冲液，加强裂解的时间和温度，还可以在样品中添加蛋白酶抑制剂等方式来确保蛋白质裂解充分。

验证蛋白裂解程度可以用超声检测或者sds都可以。