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1、在GraphPad prism软件计算IC50时,对数据处理有不拟合、三参数、四参数、五参数拟合,什么何种拟合呢?为什么?
土井挞克树
选择四参数拟合
因为计算 IC50 时,我们需要完成的抑制率-浓度曲线,而曲线的完成需要至少 4 个参数来定义
sswei
数据拟合又称曲线拟合,俗称拉曲线,是一种把现有数据透过数学方法来代入一条数式的表示方式。科学和工程问题可以通过诸如采样、实验等方法获得若干离散的数据,根据这些数据,往往希望得到一个连续的函数(也就是曲线)或者更加密集的离散方程与已知数据相吻合,这过程就叫做拟合(fitting)。
不拟合的原因:
1. 模型过于简单,没有捕捉到训练数据集中的全部信息,无法有效地拟合训练数据;
2. 训练数据集本身不够多,或者特征不够多,模型无法有效地拟合训练数据;
3. 模型参数未调整好,导致模型无法有效地拟合训练数据;
4. 模型中存在偏差,使模型无法有效地拟合训练数据;
解决办法:
1. 增加模型的复杂度,添加更多特征或者增加更多的层次;
2. 增加训练数据集;
3. 调整模型参数,使模型更具有鲁棒性;
4. 使用正则化方法,来减少模型中的偏差。
loveliufudan
GraphPad Prism是一款常用的统计分析软件,可以进行不同类型的数据拟合。在拟合曲线时,常用的方法包括不拟合、三参数、四参数和五参数拟合。下面是这些方法的简单介绍和使用场景:
不拟合
如果数据本身不需要拟合曲线,那么可以选择不进行拟合。例如,对于一些分类数据或者纯粹的描述性统计数据,可能不需要进行拟合。
三参数拟合
三参数拟合通常用于拟合带有截距的曲线数据,其方程形式为:Y = Bottom + (Top - Bottom)/(1 + 10^((LogEC50 - X~undefinedHillSlope))。其中,Top和Bottom是曲线的最大值和最小值,LogEC50是X轴上的拐点,HillSlope是拟合曲线的斜率。
四参数拟合
四参数拟合可以用于拟合不带截距的曲线数据,其方程形式为:Y = Bottom + (Top - Bottom)/(1 + 10^((LogEC50 - X~undefinedHillSlope))。与三参数拟合不同的是,四参数拟合不需要设置拟合曲线的最小值和最大值,而是自动根据数据进行调整。
五参数拟合
五参数拟合在四参数拟合的基础上,增加了一个参数用于控制曲线的对称性。其方程形式为:Y = Bottom + (Top - Bottom)/(1 + 10^((LogEC50 - X~undefinedHillSlope))^Symmetry。其中,Symmetry为对称性参数,取值范围为0.1到10之间。
选择何种拟合方法应该根据具体的数据特点和实验需求来确定。如果数据分布比较离散,可以考虑使用更复杂的拟合方法,如五参数拟合。如果数据趋势比较明显,但是没有明显的截距,可以选择四参数拟合。如果数据有明显的截距,可以使用三参数拟合。在实际应用中,也可以尝试不同的拟合方法,并根据拟合效果和实验需求来选择最合适的方法。
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