建立基因调控网络时的小问题

洛噜啦噜啦嘞

2022-06-23

最近做一个基因调控网络（对我来说最重要的部分是做贝叶斯网络的建模，但在数据的提取上我搞不清楚了）。拿到一些微阵列的数据后（ncbi上geo的，有txt和xml格式），我要做这个网络需要其中的那些信息呢？从我的角度来看我认为是找到1.有多少个基因 2.他们在一个时刻时候的状态（这个我就不是特别清楚），不止这个思路对么?

1 个回答

dxy_btpk2zd7

2022-06-23

有帮助

建议还是先看看GEO和基因表达的科普文章。GEO里的就是基因表达数据，有原始数据，有预处理过的。一般你最后拿到的应该是一个矩阵，行代表基因(通常会有2到5万)，列是样本。你就从这个矩阵里挑基因出来，学习BN即可。当然，如何挑基因还是个很tricky的问题，也有很多方法。

关于重构基因调控网络，方法已经有很多。选取何种方法，关键取决于你想通过网络得到何种信息。BN十多年前就已经有所应用，听起来很fancy，但是在构建大规模的调控网络上目前没啥优势，样本量有限啊。