如何比较不同实验组蛋白的岩藻糖基化水平

可以做质谱啊，这个是目前比较多的，经费充足，质谱带你起飞。

AAL的具体原理和步骤你可以看具体的kit的protocal，其他的方法的话，有条件可以试试LC-MS/MS，灵敏度和特异性都会好不少。

核心岩藻糖基转移酶是催化核心岩藻糖基化修饰的唯一的糖基转移酶，用特异性结合核心岩藻糖的凝集素亲和柱分离纯化血清中具有的核心岩藻糖基化蛋白,并进行检测和对比分析

凝集素方法的步骤有很多啊，买试剂的时候都有具体操作步骤的，一定要做好对照，另外就是抗体要好用。

具体流程按照一般CO-IP来做，把AAL当成抗体，然后再富集AAL蛋白。 建议使用AAL耦联荧光基团，这样就可以直接测量获取数据。

直接凝集反应，颗粒性抗原（如细菌、红细胞等）直接与相应特异性抗体结合，在适量电解质存在条件下，出现肉眼可见的凝集现象，称直接凝集反应。参加凝集反应的抗原称为凝集原，而抗体则称为凝集素。直接凝集反应有玻片法和试管法两类。

如果有好用的抗体的话，直接用wb比较实验组和对照组样品就可以了，当然用个内参定量一下 保证蛋白量一致。更准确的方式应该就是质谱了，具体能检测到什么水平需要问一下检测的平台或公司。

用凝集素亲和层析分析可以岩藻糖糖基化。其原理类似于给糖基化蛋白加上标签，然后利用层析原理区分开。

可以试试LC-MS的方法来检测，结果更容易看

a我建议可以参考一下这篇https://me.mbd.baidu.com/r/zQTL3HTMuA?f=cp&u=b8c5dbfe57ba4612

可以试试AAL耦联荧光基团，这样可以直接检测荧光强度

每篇文章的material and methods都会写如何检测，这里有一篇aal的新方法，供参考https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5869706/

AAL是一个二聚蛋白，可以结合岩藻糖基化蛋白，相当于是一个信号富集放大系统。具体流程按照一般CO-IP来做，把AAL当成抗体，然后再富集AAL蛋白。 建议使用AAL耦联荧光基团，这样就可以直接测量获取数据。跳过WB检测。这样更好。

可以使用western blot比较两者岩藻糖基化修饰，通过与内参蛋白比值进行比较。

岩藻糖基化水平检测用凝集素方法主要有6种凝集素(LCA、PSA、AAL、LTL、UEA I和AOL)和MAX萃取筒。这篇文献（Site-specific fucosylation analysis identifies glycoproteins associated with aggressive prostate cancer cell lines using tandem affinity enrichments of intact glycopeptides followed by mass spectrometry）介绍了凝集素富集相关方法流程及检测，可以参考一下。

可以采用报告基因来测定糖基化水平。也可采用LC-MS检测。LC-Ms.可能更方便直观快捷。

没做过岩藻糖基化，不过根据糖蛋白纯化的经验，感觉用磁珠或者琼脂糖偶联aal，混合分离样品中的岩藻糖基化蛋白，蛋白定量后做个wb检测a蛋白含量似乎可行

N-连接糖蛋白上的核心岩藻糖基化发挥非常重要的作用，核心岩藻糖基转移酶是催化核心岩藻糖基化修饰的唯一的糖基转移酶，用特异性结合核心岩藻糖的凝集素亲和柱分离纯化血清中具有的核心岩藻糖基化蛋白,并进行检测和对比分析。

凝集素方法的步骤有很多啊，而且你买他们试剂的时候都有具体操作步骤的，一定要做好对照，另外就是抗体要好用。另外蛋白质组学的结果是有多大差异？

可参考2019年文献--Development of a glycoproteomic strategy to detect more aggressive prostate cancer using lectin-immunoassays for serum fucosylated PSA。大概方法是： 使用 500 µL TBS 缓冲液（pH 7.4，Tris 缓冲盐水）通过离心将琼脂糖结合的凝集素珠（200 µg）洗涤 3 次。然后将 100 µL 血清样品、珠子和 TBS 缓冲液在 4 °C 下混合过夜。孵育后，用 500 µL TBS 缓冲液将珠子洗涤四次，以去除非特异性结合。然后在 TBS 缓冲液中用 200 µL 的 100 mM L-岩藻糖（用于 AAL 洗脱）洗脱 Fuc 糖蛋白摇动 1 小时。通过离心收集凝集素结合的样品。