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GO.分析 KEGG分析

相关实验:基于 SPSS 的卡方检验

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别出声

请问图中 count 和ratio,以及-log P value怎么理解,代表的意义是什么,这幅图要如何理解比较合适。

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3 个回答

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灵枢天问

有帮助

Count指富集在某一通路的基因数目,ratio只是为了区分通路的类似于重要性,log P-pvalue 是计算log10P值结果

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loveliufudan

有帮助

在GO(Gene Ontology)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析中,通常会生成类似上述提供的表格或图谱来总结分析结果。

在这个图中,"Count"代表在你的基因集合中与特定功能或通路相关的基因数目。比如,在这个例子中,与"apoptotic process"相关的基因数目是10,与"Wnt signaling pathway"相关的基因数目是15。

"Ratio"代表在你的基因集合中与特定功能或通路相关的基因数目与该功能或通路中的预期基因数目之间的比例。比如,在这个例子中,"apoptotic process"的Ratio是1,说明在你的基因集合中,这个功能的基因数目与预期基因数目相当。

"-log P-value"代表统计学上的显著性水平。这个值表示与特定功能或通路相关的基因在你的基因集合中的富集程度,以及这种富集程度是否显著。较高的-log P-value表示富集程度更显著。

理解这个图时,你可以关注具有较高Count和Ratio的功能或通路,这意味着这些功能或通路在你的基因集合中更显著地富集。同时,你还可以注意那些具有较低-log P-value的功能或通路,这表明这些功能或通路在你的基因集合中的富集是具有统计学意义的。

根据你提供的功能和通路,你可以观察到在你的基因集合中与细胞凋亡、细胞分化、细胞间黏附、炎症反应、MAPK级联、先天免疫反应、血管生成和Wnt信号通路等相关的基因富集。这些结果可以为你的研究提供有关这些生物学过程和通路在你的样本中的重要性和参与程度的线索。

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

count是指数量,ratio是指比例

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