Garmon
细胞qpcr做过无数次,换成做动物组织qpcr,一开始用tri'zol法提取的rna纯度偏低,一般1.7~1.8左右,但是此时pcr能正常跑出来,然后换成了柱法提取rna,纯度基本1.9左右,然后跑出了第一批qpcr,等我用柱法提取第二批别的部位的组织pcr时,纯度和浓度都很好,但是qpcr只能跑出来内参和另外一个基因。我一开始觉得是我的无酶水污染了,换了一下无酶水还是只能跑出内参和一个基因,然后我重新合成了跑不出来的引物的序列,(这些序列我细胞实验和前期动物都跑出来过),然后还是跑不出来,最我把我之前能跑出来的标本和最近跑不出来的标本都拿来跑了一下 发现全部都跑不出来了。。。如果是试剂问题,我最近才做了一次细胞的qpcr,完全正常,证明我的逆转录试剂盒pcr试剂没问题,机器参数我一直都是这些参数.。。。我真的要崩溃了。。。完全搞不清楚是哪里出了问题。希望有大神指点一下,我已经卡在这里一个多月了。要疯了!
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lanlvmaomao
你换了柱法提rna跑qpcr后,内参的ct值有多少,比较trizol法和柱法跑qpcr同样内参的ct值相差大不大,可能是你本来目的基因表达就低,若内参换了柱法提取rna后,内参ct值变大了,建议更换引物,你可以多设计几条引物,看看哪一条合适。
Garmon
内参ct值一般是17,16左右,柱法和TRIZOL法没有明显的区别,跑不出别的基因的时候内参ct值也没有明显的差别
lanlvmaomao
那要不试试更换别的引物,还有,你可以直接用提取的rna进行pxr实验,看是否能扩增出曲线
balalaLy
跑得出来的内参和另一个基因的ct值跟以往的有没有差别?有时候逆转录酶或者SYBR反复冻融或者室温使用时间长,会出现虽然基因可以扩增出来,但CT值普遍升高,如内参正常是15以下的,异常后变成20几,这样有些基因本来表达就比较低的就扩不出来了,或者有些基因会出现相反的趋势。
Garmon
内参差不多16,17的样子,和以往比差别不大。一开始我也以为是mix的问题,我也换了一袋新的pcr mix,发现也还是不行。关键是内参和其中一个基因都没问题。其他基因我中间有一批标本跑出来了,后面就不行了,我换过新的逆转录酶,换过无酶水,都没有什么改善。步骤我一直都是这些步骤,期间我还同时做了细胞的样本,同样的试剂和流程细胞就没问题。我实在是不知道咋办了
毛利小五郎的徒弟
我觉得和你的引物有关,尝试检查引物。
Garmon
这些引物我细胞都做过,是可以跑出来的,而且动物组织有一批标本也跑出来了
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