不同GPL的GEO测序数据集可以合并吗？

可以合并，但是要消除批次效应，也可以在差异分析后取差异基因的交集。

不能直接合并，需要做归一化处理后才能比较

一般来说我不建议合并，误差太大。

就算去batch，原则上不同的GPL平台的数据是不能合并的，即使都是GEO数据库