ChIP-seq和ChIP-ChIP相比有哪些优势？

ChIP-seq在样品数量方面比ChIP芯片更具优势，因为ChIP-seq需要更少的量。ChIP-seq产生更精确的蛋白质结合位点列表和转录因子，增强子和序列基序的鉴定。可以使用ChIP-seq分析染色质和组蛋白变体的核小体定位和翻译后修饰。这种分析尤其受益于增强的空间分辨率。

1） 灵敏度很高。

2） 灵活性很强。

3） 分辨率极高。

4） 不具备其它一些芯片相关的负效应，如由核酸非特异杂交带来的噪音信号。

与ChIP芯片相比，ChIP-seq技术可实现单碱基对的分辨率，更少的伪像，更好的覆盖范围和更大的动态范围。. 优异的碱基对分辨率是最重要的优势之一，因为阵列在杂交过程中具有基本的不确定性，这限制了分辨率。. 虽然ChIP芯片的分辨率因阵列而异，但通常在30-100bp范围内，但ChIP-seq具有单核苷酸分辨率。. 绕过杂交过程对ChIP-seq有额外的好处。. 在ChIP芯片的杂交过程中，不完全匹配的序列之间可能存在交叉杂交，这增加了信号噪声。. 由于直接测序方法，ChIP-seq本质上不受这些噪声源的影响。