目的基因克隆发生同义突变，使用他构建过表达载体是否会有影响

同义突变如果是长片段的话不建议用，会降低体系稳定性

目的基因克隆发生同义突变，使用他构建过表达载体是会有影响。

同义突变是一种基因序列变异，其在氨基酸序列上不会引起任何变化，因此，同义突变不会对基因的功能产生直接影响。如果目的基因克隆发生了同义突变，并且您使用这个突变体构建了表达载体，那么这个突变体在表达载体中的表达水平和功能应该与野生型基因一样。

当然，具体的影响还需要考虑突变体的位置和克隆的方法等因素。如果同义突变位于基因的功能区域，例如编码序列中的保守区域，那么这个同义突变可能会对基因的表达或功能产生微小的影响。此外，克隆方法和表达载体的设计也会影响表达效率和稳定性，这些因素也需要考虑。