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首先要构建一个群体,如果是植物(特别是作物)还好说点。一般用含有目标基因(表型)的亲本和没有相应性状的标记的亲本的杂交后代构建群体。一般而言,如果是质量遗传的单孟德尔基因,用F2群体就够了。
然后筛选大量两亲本间存在差异的标记,包括分子标记和表型标记等下面要在对群体的每一个系(如果是F2群体就是每一个单株)进行全部标记的分析,(PCR扩增电泳,蛋白质电泳等等)。最后把所得所有数据进行连锁性分析(有现成的软件,比如mapmaker),得到包含你要找的基因在内的若干个连锁群。一般而言,每个连锁群就是一个染色体,如果你的基因属于某个连锁群,它就在相应的染色体上,而且大概位置可以算出来(比如在10000000个碱基的范围内)
以上步骤就完成了初步定位。
下面还要进行基因的精细定位以及图位克隆,并且通过转基因进行功能验证。
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可以先做生信分析预测下然后加以验证
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筛选控制植物某一性状或功能的基因需要以下实验计划:
确定研究对象:选择控制植物某一性状或功能的植物品种,确定研究对象。
提取RNA:从研究对象中提取RNA,可以通过商用RNA提取试剂盒进行提取。
cDNA合成:使用反转录酶将RNA转录为cDNA,可使用商用反转录试剂盒。
基因组测序:对研究对象的基因组进行测序,可以通过商用测序平台如Illumina HiSeq或PacBio等平台。
分析基因组数据:对测序得到的数据进行分析,如序列比对、基因注释等。
筛选候选基因:通过基因组数据分析,筛选与目标性状或功能相关的基因,可以使用基因表达谱或转录组数据分析工具。
功能验证:利用CRISPR-Cas9或RNAi等技术对候选基因进行敲除或沉默,观察植物表型变化,验证基因对目标性状或功能的调控作用。
表达分析:对基因敲除或沉默后的植物进行基因表达谱或转录组分析,了解目标基因的调控网络。
确认筛选的基因:经过以上步骤筛选出与目标性状或功能相关的基因,进行进一步的实验验证确认。
以上是一般的实验流程,具体实验步骤还需要根据实验具体情况进行调整和优化。