细胞裂解液用乙酰化抗体富集IP后，胶内酶解MS检测会不会丢失一些痕量修饰的蛋白

又可能会少量丢失或降解，痕量修饰蛋白在酶解时可能有少量丢失

如果您使用的是乙酰化特异性抗体，那么酶解过程中不会丢失乙酰化修饰。因为酶解是针对肽链的，而不是修饰，乙酰化修饰是被保留在肽链上的。所以，在酶解后，您仍然可以检测到乙酰化修饰的肽段，进行质谱分析。但是需要注意的是，酶解的过程可能会引起一些不可逆的蛋白质结构变化或部分肽段的剪切，因此可能会丢失一些修饰的位点或导致检测的灵敏度下降。因此，在进行酶解前应该优化酶解条件并在质谱实验中进行合适的重复次数和技术控制，以确保结果的可靠性。

是有可能的，痕量蛋白的胶内酶解效率对于后续质谱的鉴定效率非常重要。对于胶内酶解，要减少蛋白与凝胶的共价交联，此外还要尽量保证脱色完全，以避免银离子干扰到酶切体系